Jean-Yves Berthault a passé l'essentiel de sa carrière diplomatique dans le monde arabo-musulman, d'abord en tant que secrétaire d'ambassade (Afghanistan, Algérie, Maroc, Syrie et aussi près le Saint Siège), avant de diriger plusieurs Consulats généraux (Karachi et Tanger) et ambassades (Bakou, Kaboul, Asmara, Brunei). Ayant en vingt ans servi en Afghanistan à trois reprises (secrétaire d'ambassade à Kaboul entre 1979 et 1981, conseiller politique de la mission spéciale de l'ONU pour l'Afghanistan UNSMA en 1997, puis chef de poste à Kaboul entre 1998 et août 2001), il en est devenu l'un des meilleurs experts en France, mais aussi dans le monde. Il a ainsi traversé plusieurs périodes cruciales pour l'histoire de ce pays, des révolutions communistes qui ont conduit à l'invasion du pays par l'URSS, à la prise du pouvoir par les Talibans, dont il a été l'un des rares interlocuteurs occidentaux.