Les intérêts de Becky Thomas se concentrent sur la biologie de la conservation et l'écologie des oiseaux et des mammifères, en particulier sur la manière dont les décisions des individus affectent l'écologie des espèces sauvages. Elle s'intéresse particulièrement à la manière dont l'activité humaine affecte les interactions écologiques à différentes échelles, notamment en essayant de découvrir certaines des conséquences inattendues et imprévues de notre comportement.