Benedikt Weibel est nommé en 1993 président de la direction générale des CFF, poste qu'il occupe durant quatorze ans.

À partir de 2003, il siège également au conseil d'administration de la SNCF jusqu'en 2007 (mandat non rémunéré pour lequel il a été décoré de la Légion d’honneur) et devient, la même année, président de l'Union internationale des chemins de fer (UIC)1. À la tête des CFF il a réussi à mettre en œuvre plusieurs réformes et dirige actuellement le conseil de surveillance d’un chemin de fer privé autrichien, WESTbahn.

Il a publié "Simplicité. L’art d’aller à l’essentiel" (Presses polytechniques et universitaire romandes), livre dans lequel il partage son expérience et ses réflexions sur la nécessaire simplicité qu'il faut atteindre pour résoudre les problèmes et agir efficacement.