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Un patient reçoit une dose du vaccin de Pfizer-BioNTech contre la Covid-19 dans un centre de vaccination à Ajaccio, le 13 mai 2021.
Un patient reçoit une dose du vaccin de Pfizer-BioNTech contre la Covid-19 dans un centre de vaccination à Ajaccio, le 13 mai 2021.
©PASCAL POCHARD-CASABIANCA / AFP

État failli ?

Pire, sur le traçage comme sur l’isolement, l’efficacité des autorités sanitaires françaises est en plein repli.

Claude-Alexandre Gustave

Claude-Alexandre Gustave

Claude-Alexandre Gustave est Biologiste médical, ancien Assistant Hospitalo-Universitaire en microbiologie et ancien Assistant Spécialiste en immunologie. 

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Atlantico : La France connaît actuellement une situation sanitaire acceptable, avec un taux d’incidence faible et une accalmie dans les hôpitaux. Cette configuration paraît optimale pour mettre en place un tester/tracer/isoler réellement efficace. Est-ce le cas ? Quelle est la responsabilité de l’Etat dans les défaillances actuelles ?

Claude-Alexandre Gustave : La comparaison des cas recensés et des données de séroprévalence obtenues par l’Institut Pasteur / INSERM, montre que nous n’avons détecté que 37% des infections par SARS-CoV-2. Quand le taux d’incidence des nouvelles infections est trop élevé, on comprend donc aisément que le nombre d’infectés qui restent hors des radars est colossal, et plus que suffisant pour alimenter la progression épidémique. Dans une telle configuration, le triptyque tester/tracer/isoler ne peut pas suffire à contrôler l’épidémie puisque il ne parvient à « capter » qu’un peu plus d’un tiers des infections. Quand le taux d’incidence diminue, la part d’infectés restant hors des « radars » ne change pas, mais en valeur absolue ils représentent un poids de plus en plus faible qui alimente de moins en moins la progression épidémique. Tester/tracer/isoler gagne ainsi en efficacité. A cela s’ajoute les limites logistiques et de ressources humaines pour réaliser les enquêtes de contact tracing, ainsi que les capacités d’isolement des infectés et cas-contacts (impossible à absorber quand on tournait à >30000 cas par jour). Les autorités sanitaires ont indiqué qu’en dessous de 5000 nouveaux cas dépistés par jour, le triptyque tester/tracer/isoler serait pleinement déployable. Nous sommes désormais à 1900 cas dépistés par jour. Pourtant, Santé Publique France alerte sur la dégradation des indicateurs de contact tracing, sur l’absence d’isolement systématique des infectés et cas contacts… A quoi nous pouvons ajouter l’absence de quarantaine obligatoire et de durée suffisante aux frontières.

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Dans son bulletin épidémiologique hebdomadaire paru jeudi dernier, Santé Publique France indiquait tout d’abord un allongement du délai moyen entre l’apparition des symptômes et la réalisation d’un test de dépistage (désormais à 2,4 jours). Cette première faiblesse augmente la durée durant laquelle un infecté ignore son statut virologique et poursuit donc ses contacts sociaux qui sont autant d’occasion de transmission du virus. Deuxièmement, Santé Publique France indique une 2ème faiblesse portant sur l’identification insuffisante des chaînes de contaminations. La proportion d’infectés antérieurement connus comme étant cas-contact d’un autre infecté n’est plus que de 23,7% ; valeur en diminution alors que le taux d’incidence virale s’est effondré et devrait au contraire conduire à une forte hausse de cet indicateur (traduisant une meilleure maîtrise des chaînes de contaminations désormais moins nombreuses). Cet indicateur nous apprend donc que pour 76,3% des nouvelles infections détectées, les chaînes de contaminations ne sont pas identifiées !

Dans le triptyque tester/tracer/isoler, nous avons un « tester » qui ne repère qu’environ 1/3 des infections, insuffisant pour permettre un contrôle épidémique par les simples tests de dépistage. Vient alors le contact tracing, chargé de « rattraper » le virus et les infections non-détectées via l’identification des chaînes de contaminations. Là encore, avec seulement 23,7% des nouveaux cas antérieurement connus comme cas-contact d’un infecté, le tracing est insuffisant. Enfin, vient la question de l’isolement, seule mesure capable de briser les chaînes de contaminations. Pour être efficace, il doit être systématique, pour tous les infectés et cas-contacts, précoce (pour briser au plus tôt les chaînes de contaminations avant la génération des cas secondaires), et d’une durée suffisante (avec les variants à échappement immunitaire, l’excrétion virale est régulièrement supérieure à 10 jours, voire à 14 jours). En France, l’isolement est virtuel, trop bref (seulement 7 jours), et de toute façon applicable à une fraction trop faible des infectés puisque le dépistage et le tracing ne sont pas assez performants.

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Nous avons eu plus d’un an pour déployer les outils de dépistage. Ceci semble avoir été fait, les laboratoires ayant lourdement investi dans l’acquisition de plateformes de RT-PCR à haut débit, en ressources humaines… Cependant, cela ne suffit pas. Le contact tracing est indispensable. En Corée du Sud, l’épidémie est contrôlée sans confinement, notamment grâce à un contact tracing numérique très efficace qui leur permet d’identifier 10 à 15 cas-contacts par infecté, quand nous peinons à en identifier seulement un peu plus de 2 ! Il ne suffit pas de déployer le « backward tracing » ou « tracing rétrospectif » pour améliorer notre système de contact tracing. Tant que nous resterons sur une méthode manuelle et déclarative, nous resterons limités aux seuls contacts dont l’identité est connu du cas index, et donc incapables d’appréhender efficacement l’ampleur réelle des chaînes de contaminations. Enfin, tant que l’isolement des infectés et cas-contacts ne sera pas effectif, et complété par une quarantaine systématique aux frontières, la circulation virale ne pourra pas être contrôlée sans restriction des libertés pour tous, ce qui n’est pas entendable après plus d’un an de pandémie et tous ces mois qui auraient pu être mis à profit pour importer les méthodes de contrôle épidémique développées en Asie ou en Océanie.

L’institut pasteur a dressé plusieurs scénarios pour la rentrée scolaire selon la vaccination et les mesures de contrôle en place. Une quatrième vague n’est donc pas à exclure. La vaccination est-elle notre seule arme actuellement contre une reprise épidémique ?  Sera-t-elle suffisante, notamment face au variant delta ?

Claude-Alexandre Gustave : On critique régulièrement, à juste titre, l’insuffisance du séquençage virologique en France, mais il ne faut pas oublier que sans contrôle strict des frontières avec quarantaines obligatoires et suffisamment longues, ainsi que sans stratégie de suppression virale rigoureuse dans le pays, nous aurons une circulation virale active dans le pays et tous les variants qui émergent dans le monde passerons par nous ! La stratégie française, uniquement basée sur l’immunisation de la population, risque de se révéler très précaire face à l’évolution virale et l’émergence de variants à échappement immunitaire.

Les données de Santé Publique produites par les autorités britanniques montrent que le variant Delta risque de mettre à nouveau nos systèmes de soins sous forte tension dans les mois qui viennent. Le rapport du PHE paru le 25/06/2021 évoque le recensement de 117 décès associés au variant Delta (entre le 01/02/2021 et 21/06/2021), dont 50 sont survenus chez des personnes ayant reçu leurs 2 doses vaccinales. Cela ne remet pas en cause l'efficacité vaccinale mais montre que les personnes vulnérables face à la COVID sont également celles qui ne profitent pas pleinement de la protection vaccinale (souvent en raison de leur grand âge et de l’immunosénescence qu’il provoque ; ou encore de comorbidités associées à une moindre réponse vaccinale). On voit donc qu’en optant pour la stratégie de déconnexion entre infections et hospitalisations/décès via l’immunisation, on s’expose tout de même à une nouvelle dégradation de la situation sanitaire si on ne parvient pas à mettre sous contrôle la circulation virale à un niveau le plus faible possible.

Voir des formes graves, voire fatales, de COVID chez des sujets pleinement vaccinés n’est pas surprenant. Les vaccins actuellement disponibles ont une efficacité d’environ 92% (AstraZeneca) ou 96% (ARNm) contre les formes sévères de COVID et les hospitalisations. Cela ne signifie pas que chaque vacciné sera protégé à 92 ou 96%, mais que sur 100 vaccinés, 92 à 96 seront pleinement protégés, tandis que 4 à 8 ne le seront toujours pas malgré leurs 2 doses vaccinales. Ces échecs vaccinaux sont attendus et plus souvent observés chez les sujets les plus âgés ou porteurs de comorbidités qui les placent aussi à risque face à la COVID. Si on considère qu’il y aurait 25 millions de citoyens vulnérables face à la COVID en France, même s’ils étaient vaccinés à 100%, entre 1 et 2 millions resteraient à haut risque de COVID sévère. Ceci confirme la grande efficacité de ces vaccins (déjà mesurée lors des essais cliniques initiaux), avec une réduction du risque de COVID sévère d’un facteur 10 à l’échelle de la population. On voit cependant qu’en l’absence de contrôle de la circulation virale, il restera possible de voir apparaître des COVID sévères chez au moins 1 à 2 millions de citoyens, ce qui est largement suffisant pour submerger totalement le système de santé en cas de circulation virale intense.

Là encore, on ne peut faire reposer la réponse sanitaire sur la seule vaccination. En Israël, 60% de la population est totalement vaccinée avec des vaccins à ARNm (actuellement les plus efficaces), à quoi s’ajoute aussi une part des individus ayant été immunisés par l’infection. Pourtant, le Pr. Cyrille COHEN (conseiller scientifique pour la vaccination anti-COVID auprès du ministère israélien de la Santé) rappelait que 40% des nouvelles infections associées au variant Delta étaient survenue chez des sujets pleinement vaccinés. C’est attendu car un vaccin injectable n’a que peu ou pas d’efficacité pour prévenir l’infection par un virus respiratoire. Cela montre que malgré une large immunisation de la population, le virus va continuer à circuler activement. Nous allons donc entrer en phase « d’endémisation » du virus, c’est-à-dire une phase de circulation active et durable du virus au sein d’une population largement immunisée contre lui. Il est encore trop tôt pour anticiper son évolution et dire à quoi cette phase ressemblera. Nous ne pouvons qu’émettre des hypothèses et soulever des questions.

Le virus va donc continuer à circuler. Immunisés ou non, nous serons régulièrement infectés (avec les Coronavirus humains endémiques, nous pouvons être infectés jusqu'à 2 ou 3 fois par an avec le même virus). Quelle sera la conséquence de ces infections récurrentes par SARS-CoV-2 ?

Bien évidemment, elles vont constituer le creuset de l'évolution du virus qui va continuer à se répliquer massivement dans la population, ce qui lui permettra d'acquérir de nouvelles mutations. Elles seront alors soumises aux pressions de sélection et nous verrons émerger continuellement de nouveaux variants, toujours plus transmissibles, et potentiellement doué d'échappement immunitaire de plus en plus marqué. Quelle sera la conséquence de cet échappement immunitaire ? Il concerne peu les lymphocytes T cytotoxiques (capables de détruire les cellules infectées par le virus) car le mécanisme d'action des lymphocytes T cytotoxiques n'exerce qu'une très faible pression de sélection sur le virus. En effet, ces lymphocytes ne ciblent pas directement le virus mais détruisent les cellules infectées où il se réplique. Ainsi, lors de leur destruction, ce sont tous les variants qu'elles portent qui sont indifféremment éliminés. L’échappement immunitaire de SARS-CoV-2 et ses variants concerne principalement la résistance à la neutralisation par nos anticorps. Cela ne va probablement pas permettre à un variant d'être totalement résistant à notre immunité, mais cela risque de raccourcir la durée de protection après immunisation. Pour neutraliser les variants tels que Bêta ou Delta, il faut des concentrations d'anticorps 7 à 9x supérieures à celles qui neutralisent les variants historiques ou Alpha. Or après immunisation, notre production d'anticorps décline (c'est un phénomène physiologique inévitable). Si nous laissons des variants tels que Beta ou Delta devenir majoritaires et circuler activement, nous risquons donc de voir la durée de protection immunitaire raccourcir car la décroissance de notre concentration d'anticorps neutralisants nous ramènera plus rapidement sous les seuils critiques de protection, ce qui peut être schématisé ainsi :

https://twitter.com/C_A_Gustave/status/1398320081420099585?s=20

Il ne faut donc pas oublier qu’il reste une inconnue majeure : quelle sera la durée de protection après vaccination ? Est-ce que les infections récurrentes que nous subirons vont suffire à maintenir une réponse immunitaire protectrice tout en évitant de développer une forme sévère ? Je ne le sais pas. Est-ce que l’évolution virale sera trop rapide, avec un échappement immunitaire trop fort, mettant en péril la protection immunitaire ? Je ne le sais pas. Est-ce que la circulation virale sera massive, ce qui réduirait le bénéfice vaccinal par l’induction d’un trop grand nombre d’infections ? Je ne le sais pas. Est-ce que la stimulation régulière de notre immunité lors des réinfections à bas bruit va suffire à "mettre à jour" notre immunité contre les nouveaux variants, ou bien serons-nous "bloqués" à la réponse initiale (phénomène d'empreinte antigénique) ? Je ne le sais pas non plus.

Si la vaccination accélère, et que l’évolution virale est « contenue », alors nous pourrons probablement éviter une nouvelle crise sanitaire. Si nous tardons à vacciner l’ensemble de la population et/ou si l’évolution virale est trop rapide avec un échappement immunitaire significatif, alors nous aurons encore de nombreux mois compliqués à affronter. Il est encore trop tôt pour répondre.

Est-il encore temps de mettre à profit l’été pour se prémunir d’une résurgence de l’épidémie ? Que faudrait-il faire pour cela ? 

Claude-Alexandre Gustave : On ne peut pas se permettre de jouer avec le feu : les marges de tolérance sanitaire (bilan déjà colossal, et cumul+++ de soins déprogrammés, retardés), sociologique (acceptation au plus bas), et économique (épuisement des ressources) s’étiolent, et nous entrons en année électorale !

Contrairement à l’an dernier, nous avons toutes les cartes en main et nous aurions eu tout le temps de combler nos lacunes pendant tous ces mois de confrontation à SARS-CoV-2.

En France, il semble que la vaccination sera la seule réponse opposée à la pandémie et la seule alternative au « stop & go » mortifère utilisé depuis plus d'un an. L’espoir de voir se déployer une stratégie de suppression virale efficace est très faible. Nous allons donc en arriver à la confrontation entre santé individuelle et santé publique, protection individuelle et protection collective ! Si la vaccination est la seule réponse et donc le seul outil pour réduire l'impact de cette pandémie, il faut alors tout faire pour en tirer le bénéfice maximal et donc la protection collective la plus étendue. Les vagues précédentes ont montré qu'avec seulement 5 à 10% de la population infectée, il était possible de submerger les ressources sanitaires, avec alors une obligation de restriction des libertés individuelles afin d'activer un "frein d'urgence" face à la circulation virale (mesure alors incontournable pour répondre à l'obligation de protection de la population et de maintien de l'accès aux soins). Avec le niveau actuel de vaccination, la population compte encore bien plus que 5 ou 10% de sujets vulnérables face à la COVID, et toujours sans protection immunitaire face au virus. En l'état actuel, nous sommes donc toujours collectivement vulnérable face à SARS-CoV-2, non seulement au plan sanitaire, mais également économique puisqu'il reste encore possible de générer assez de COVID graves simultanées pour saturer le système de soins, ce qui imposerait de nouvelles mesures de confinement. Il faut donc comprendre que malgré l'accalmie actuelle, l'euphorie des réouvertures économiques, et l'optimisme estival à l'approche du grand brassage touristique, la vaccination doit rester la priorité de tous ! Il n'est pas possible d'attendre la rentrée pour se faire vacciner. Tout doit être fait dès maintenant pour accélérer la vaccination, d'autant plus que l'approvisionnement n'est plus un facteur limitant pour le moment. Ce pays a refusé toute mesure de suppression virale, ainsi que le contact tracing numérique (seul capable de maîtriser les chaînes de contaminations). En raison de la dépendance économique au tourisme, le contrôle des frontières est resté virtuel. Dans un tel contexte, SARS-CoV-2 va devenir endémique et circuler durablement et activement dans la population. Nous sommes donc uniquement et totalement dépendants de l'immunisation de la population dont la seule méthode civilisée est la vaccination. Il n'est alors pas acceptable que cet outil soit simplement mis à disposition au bon vouloir des individus d'y recourir ou non. Les conséquences d'une vaccination insuffisante de la population seraient catastrophiques, tant sur le plan sanitaire qu'économique. Si la responsabilisation atteignait ses limites, il serait alors irresponsable de ne pas en tirer les conséquences réglementaires, y compris jusqu'à l'obligation vaccinale. Il ne faut pas non plus oublier les personnes isolées, sans outils numériques, vivant dans des territoires reculés, et donc renforcer les dispositifs de vaccination sur le mode « aller vers » pour apporter la vaccination à ceux qui en sont les plus éloignés.

Comme l’OMS l’a répété depuis le début des campagnes vaccinales, il ne faut pas croire que la vaccination suffira à elle seule à mettre sous contrôle cette pandémie. Elle ne mettra pas un terme à la circulation virale (et donc à son évolution), et laissera encore des millions de vulnérables sans protection. On ne pourra donc pas se passer d’une véritable stratégie de suppression virale, sous peine d’être à nouveau exposés à la nécessité de restreindre les libertés individuelles ou de faire face à une saturation du système de soins… Ce qui ne serait plus acceptable après plus d’un an de confrontation au virus et moultes alertes et recommandations de toute part !

Si l’on parle de suppression virale, on doit tout d’abord revenir au triptyque tester/tracer/isoler. Les annonces au sujet du déremboursement des tests de dépistage va à l’encontre de ce triptyque et risquent de « casser » le thermomètre et nous rendre aveugles à la circulation virale. Il ne faut pas tomber dans l’erreur de ne plus suivre que les cas graves car cela ne permettra pas de surveiller l’évolution virale, ni d’anticiper une dégradation sanitaire ou d’éviter une saturation hospitalière sans mesures très restrictives. Il faut au contraire déployer massivement le dépistage, d’autant plus que la circulation virale est faible, afin d’éteindre les nouveaux « départs de feux » et réagir très prestement.

Le contact tracing ne peut pas rester sur un mode simplement manuel et déclaratif. Si on veut disposer d’un contact tracing performant permettant la maîtrise des chaînes de contaminations (et donc éviter de nouvelles restrictions), il faut basculer sur un contact tracing automatisé (en lien avec les données de dépistage) et numérique (traces numériques obtenues par applications téléphoniques, usages de QR Codes systématiques dans les lieux publiques, commerces, bars, restaurants…).

Aucun contrôle des chaînes de contamination ne peut être espéré sans isolement effectif et contrôlé des infectés et cas contacts. Il s’agit de la seule mesure capable de briser les chaînes de contaminations et donc éviter l’amplification de l’épidémie. Sans application systématique, y compris avec des quarantaines aux frontières, et pour une durée suffisante (>10 jours, idéalement 14 jours), la circulation virale finira toujours par s’amplifier suite à la lever des mesures de restriction.

En parallèle, il serait grand temps de prendre enfin pleinement conscience de la transmission par aérosols et d’en tirer les conséquences ! Le recours aux masques FFP2 dans les lieux clos et notamment les transports publiques permettrait une meilleure protection contre la transmission. Le nouveau protocole destiné aux entreprises à partir du 30/06/2021 montre qu’on est encore loin d’avoir intégré la problématique des aérosols : désormais le port du masque en espaces clos ne sera obligatoire que si la distance entre les employés est inférieure à 2 mètres. Face aux aérosols, en milieu clos, il n’existe pas de distance de sécurité. Les aérosols diffusent dans l’ensemble de l’espace et peuvent persister en suspension pendant des heures en l’absence de ventilation intense. Que vous soyez à 2m ou à 20m de l’infecté, le risque est identique et dépend de la durée de présence. Sans masque, le risque de contamination est alors maximal.

Enfin, il serait grand temps de sécuriser les établissements scolaires en systématisant la ventilation intense des lieux clos (par simple ouverture des fenêtres, ou à défaut via une ventilation mécanique sans recyclage d’air intérieur ou alors en y associant des filtres HEPA de plus haut grade). Généraliser aussi les dépistages pluri-hebdomadaires pour réduire le risque de voir des infectés côtoyer plusieurs jours durant les autres élèves ou personnels de l’établissement. Le collectif « Ecoles et familles oubliées » a publié une proposition complète de protocole sanitaire spécifiquement dédié aux établissements scolaires et au risque des aérosols. L’accalmie estivale devrait être mise à profit pour préparer la rentrée et le coup d’accélérateur que les écoles donneront à la circulation virale… En septembre, il sera trop tard pour agir…

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