Zoonoses : la nature abrite une large gamme de virus

Le monde a été profondément impressionné par la virulence de propagation du nouveau coronavirus.

À l’échelle mondiale, plusieurs centaines de milliers de personnes ont vu leur état de santé se dégrader, certaines y laissant leur vie. Début février 2021, on dénombre 1 105 961 décès liés au Covid, selon les chiffres de l’OMS. Cela représente en un peu plus d’un an 2,18 % des personnes contaminées dont le chiffre dépasse les 47  millions. De là s’est répandu dans l’opinion publique le sentiment d’une rupture, d’une singularité du moment. Pourtant, la situation que nous vivons n’est pas exceptionnelle. Sur le temps long de l’histoire, la diffusion des épidémies a toujours été le marqueur des rapports entre l’activité humaine et l’environnement physique et animal. Nous entendons souvent parler des régions tropicales où des maladies très virulentes, comme le paludisme ou la dengue, peuvent être transmises par les moustiques. L’Afrique et le Moyen-Orient ont vécu une intense activité épidémiologique liée à Ebola et à un coronavirus comme le MERS (syndrome respiratoire du Moyen-Orient). Indépendamment de la déclinaison du soleil ou des températures, les virus sont pourtant répandus sur toute la planète. De tout temps, ils ont été à l’origine de pandémies. Leur accoutumance et leur dépendance à l’homme sont favorisées par différents facteurs.

Tout d’abord, par l’explosion de la population mondiale qui passera selon l’ONU de 7,7 milliards d’individus en 2019 à 8,5 milliards en 2030 et à 9,7  milliards en 2050, associée à une hausse de sa densité et au développement des échanges et des migrations, les migrants économiques et les réfugiés constituant des populations particulièrement vulnérables. Sans être catastrophiste mais réaliste, on peut envisager que de nouvelles pandémies se diffuseront partout dans le monde. Ainsi, il faut s’attendre à de nouveaux arbovirus (ceux dont le vecteur de transmission est le moustique ou les tiques par exemple) et des zoonoses, c’est-à-dire des maladies infectieuses atteignant les animaux et potentiellement transmissibles à l’homme. La crise du Covid-19 n’est pas surprenante en termes de minutage, au regard de l’historique des crises sanitaires majeures dues aux maladies émergentes. Ces vingt dernières années dans le monde, des crises régulières liées le plus souvent à un virus d’origine animale ont eu tendance à se rapprocher (voir sur ce point Rippert, 2007). En 1976 : Ebola, 1981 : sida, 1996 : maladie de la « vache folle » ou de Creutzfeldt-Jakob, 1997  : grippe aviaire, 1999  : fièvre du Nil occidental, 2003 : coronavirus du SRAS, 2005 : chikungunya, 2009 : grippe pandémique A (H1N1), 2012 : MERS, 2013 : Ebola (Afrique de l’Ouest), 2015 : Zika, 2018 : Ebola (Afrique centrale), 2020 : Covid-19.

On trouvera en tableau 3 une liste chronologique des épidémies au fil du temps.

La survenue de la pandémie du Covid-19 nous a rappelé une réalité désagréable, en battant en brèche une idée diffuse dans nos esprits selon laquelle on pourrait associer les latitudes géographiques ou le climat à la survenue des épidémies. Les craintes dans l’opinion sont liées à trois choses. La première concerne l’atténuation prochaine de l’épidémie, avec en toile de fond une interrogation sur les dégâts potentiels des variants de la souche initiale du SARS-CoV-2. La seconde est liée aux sociétés qui ont été pétrifiées par la vitesse de propagation de l’épidémie à travers le monde. Et elles le sont encore davantage par les taux de transmission plus élevés de certains variants. Enfin, depuis quelques années grandissent les craintes liées à la fréquence des zoonoses, c’est-à-dire des maladies transmissibles entre les animaux et les hommes. Ces craintes sont-elles justifiées ?

Sur le premier point, il n’est pas rare que virus et parasites mutent et deviennent multirésistants aux traitements habituels (Rodhain, 2015, en donne un aperçu). Prenons l’exemple du paludisme pour lequel près de la moitié de la population mondiale est exposée au risque de contracter la maladie, avec 405 000 décès en 2018. Quatre espèces de parasites, vivant aux dépens de leur hôte, sont responsables de cette maladie ; le Plasmodium falciparum étant celui qui tue le plus. Mais celui-ci coexiste avec d’autres Plasmodium (vivax, ovale, malariae). Lorsqu’il se multiplie et se reproduit, chaque plasmodium libère des parasites ayant des antigènes différents. Cela complique le travail de mise au point des vaccins car la réponse immunitaire varie. Un autre exemple est celui du virus de la grippe saisonnière qui n’est qu’exceptionnellement un virus zoonotique mais néanmoins intéressant pour illustrer le phénomène de mutation. À la différence des bactéries, les virus ne se reproduisent pas seuls car ils ne sont pas « autonomes ». Pour se répliquer, ils ont besoin d’utiliser les processus biochimiques de la cellule infectée. Lors du processus de réplication génétique, une ou des erreurs peuvent survenir dans la « copie », induisant ainsi une mutation génétique.

Cette mutation peut être sans effet, tuer le nouveau virus ou bien générer une nouvelle souche qui pourra devenir plus virulente et/ou plus résistante aux vaccins utilisés contre la souche précédente. Même si la vaccination est le moyen le plus efficace de protéger les populations les plus vulnérables, la grippe est imprévisible et l’efficacité du vaccin est variable d’une année sur l’autre. D’ailleurs, l’épidémie de grippe saisonnière en France métropolitaine touche chaque année entre 2 et 6 millions de personnes et provoque environ 9 000 décès. Elle s’est révélée particulièrement meurtrière aux États-Unis au cours de l’hiver 2019 en faisant 14 000 victimes.

Certains virus font preuve d’une redoutable plasticité. Ainsi, une mutation du virus du chikungunya, au début de l’épidémie survenue à la Réunion en 2005-2006, a été associée à une plus grande infectivité chez le moustique Aedes albopictus, considéré jusqu’alors comme vecteur mineur, expliquant l’ampleur et l’explosivité de l’épidémie (Schuffenecker et al., 2008).

S’agissant du Covid-19, une première étude de l’information génétique du virus menée sur des patients infectés, en Corée, en Australie et en Chine, avait montré l’existence de deux souches. La souche d’origine (S), dont ont été porteurs 30 % des malades, était moins virulente qu’une seconde souche (L), mutation de la première, et qui aurait infecté 70 % des malades (Tang et  al., 2020). Pour autant, cela ne signifie pas nécessairement que nous connaîtrons des temps difficiles à l’avenir. En effet, les mutations de virus à ARN comme le Covid-19 (l’ARN étant la molécule qui porte l’information génétique) sont fréquentes, mais impliquent très rarement un changement de phénotype (c’est-à-dire de l’apparence du virus) et de fonction virale. Au bout d’un an, le Covid-19 semblait avoir connu peu de mutations importantes, selon une étude de l’Académie des sciences de l’Institut de France datant de novembre  2020 *. L’IHU-Méditerranée infection en a dénombré plusieurs dizaines de mutants dont plusieurs ont disparu.

Sur le deuxième point relatif à la vitesse de propagation de l’épidémie à travers la planète, la crise du Covid-19 n’est pas la première expérience de pandémies que notre monde a connue. En revanche, la nouveauté est sans doute liée au temps très court que ce coronavirus a mis pour se répandre sur tous les continents. Et cela nous conduit, évidemment, à nous interroger sur le rôle de la mondialisation.

Mais, avant d’aborder ce point, nous devons rappeler que le phénomène de « saut » des maladies d’un continent à l’autre n’a rien d’exceptionnel même si, dans certains cas, les temps de propagation se décomptent en dizaines d’années.

Prenons un exemple parlant, puisque cette maladie affecte de plus en plus de personnes dans les différentes régions du monde : le virus Zika. Isolé pour la première fois en 1947 sur un macaque dans la forêt de Zika en Ouganda, il était au départ uniquement répandu en Asie et en Afrique. En février 2015, l’OMS déclare une pandémie de portée mondiale. Un autre exemple est celui du chikungunya, virus établi jusqu’en 2005 en Asie du Sud et en Afrique, qui s’est « envolé » vers les îles de l’océan Indien et notamment l’île de la Réunion, pour atteindre l’Europe en 2007, puis les Antilles et le continent américain fin 2013 et 2014. On peut enfin citer l’exemple de la fièvre du Nil occidental, découverte en Ouganda en 1937, ayant « atterri » en 1999, on ne sait toujours pas par quel vecteur (touriste en avion, moustique infecté provenant du Moyen-Orient ou oiseau migrateur virémique ?), à Central Park à New York, pour s’étendre ensuite rapidement vers l’est des États-Unis, l’Amérique centrale et les Caraïbes.

Le Covid-19 présente toutes les caractéristiques d’un virus « volant », comme les cas que nous venons d’évoquer. La chronologie de sa diffusion est digne d’un film de course-poursuite, non dénué de suspense, puisque ceux qui sont infectés ne le savent pas nécessairement jusqu’au jour où ils tombent malades. De ce que l’on sait, le premier signalement est fait en décembre 2019 à Wuhan, mais l’idée d’une épidémie identique à celle du SRAS survenue dix-sept ans plus tôt conduit les autorités à minimiser cet événement pour ne pas effrayer la population. Il faut dire que l’épidémie de SRAS que le pays avait connue en 2002-2003 avait causé la mort de plusieurs centaines de personnes. Mais, un mois et demi plus tard, d’autres cas vont être déclarés sur toute la planète. Et, fait surprenant, la diffusion ne répond pas aux canons des modèles de diffusion des épidémies en partant d’un point localisé, pour s’étendre progressivement dans les régions alentour et finalement gagner les périphéries. Au mois de janvier 2020, des cas sont déclarés partout comme des clignotants qui s’allument les uns après les autres : en Iran, dans la pointe extrême du Nord-Ouest américain, dans l’État de Washington à Seattle, puis dans un ensemble de pays en Asie, avant de gagner le Canada, l’Australie, l’Afrique, l’Amérique latine et l’Europe. Cette fois, à la différence des arboviroses ou du paludisme, le vecteur de la transmission est l’homme. Le virus voyage à l’abri du corps humain et infecte ceux qui croisent son passage : en mer, des paquebots de croisière connaissent des centaines puis des milliers de contaminations.

Extrait du livre de Anne Levasseur-Franceschi et Gilles Dufrénot, « Crises épidémiques et mondialisation, Des liaisons dangereuses ? », publié aux éditions Odile Jacob.

Lien vers la boutique : cliquez ICI et ICI