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Une membre du personnel soignant vaccine un patient contre la Covid-19.
Une membre du personnel soignant vaccine un patient contre la Covid-19.
©ALAIN JOCARD / AFP

Nouvelles hausses des contaminations

"Tous vaccinés, tous protégés". Vraiment ?

Alors que les sous variants d’Omicron (BA. 1 et 2) touchent de plus en plus de Français et que les chiffres des contaminations repartent à la hausse, les rappels de vaccination permettent d’améliorer la réponse immunitaire et de se prémunir contre les formes graves du Covid-19.

Guy-André Pelouze

Guy-André Pelouze

Guy-André Pelouze est chirurgien à Perpignan.

Passionné par les avancées extraordinaires de sa spécialité depuis un demi siècle, il est resté très attentif aux conditions d'exercice et à l'évolution du système qui conditionnent la qualité des soins.

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Alors que la vague d’Omicron et de son sous variant BA. 2 provoque encore des décès en raison d’un grand nombre de contaminations de ces virus très transmissibles, nous sortons peu à peu de cette résurgence Omicron grâce à une immunisation vaccinale et post-infectieuse.

DE LA PANDEMIE DE SARS-COV-2 A OMICRON

EST-CE LA FIN ?

Cette question est itérative à chaque nouveau variant. Or nous savons tous que rien n’est terminé pour au moins trois raisons

- Tout d’abord la disparition des barrières à la transmission, désormais laissées à la responsabilité de chacun, produit une flambée des contaminations et donc des cas sévères chez ceux dont l’immunité est faible. Omicron est moins mortel que Delta mais le problème est que le nombre de personnes nouvellement infectées est resté élevé pendant plusieurs semaines et que BA.2 est un peu plus transmissible. Les non immunisés tout naturellement sont ceux qui paient le prix fort. Nous reviendrons sur la différence majeure entre vacciné et immunisé. Ainsi comme dans d’autres pays après le BA.1, le BA.2 plus transmissible infecte de nouveaux patients. La transmission est très rapide parmi les personnes susceptibles ce qui explique la croissance exponentielle, pour autant le nombre élevé de personnes immunisées fait que ces résurgences sont très étroites. 

- Ensuite il est très probable que de nouveaux variants préoccupants surviennent même si le nombre de réplications du virus dans le monde venait à diminuer. Un seul variant majeur notamment au sujet de la survenue d’autres formes graves changerait la donne.

- Enfin l’idée, formulée comme une évidence, que la prééminence d’Omicron et de ses sous variants serait l’assurance d’une sortie de la pandémie au motif que ces derniers sont moins mortels n’est fondée sur rien. C’est le type même de présupposé inductif qui joue sur le rassurisme. Certains préfèrent les fausses nouvelles rassurantes et d’autres le savent.

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LA POLITIQUE EST-ELLE OMNIPRESENTE ? 

Passer d’un régime de contrainte collective à la responsabilité individuelle

Sur le plan politique (alors que cette pandémie transitionne vers l’endémie) les contraintes étatiques ont été levées. Certains y voient un calendrier électoral mais c’est peu probable car ni le virus ni la décision d’envahir l’Ukraine ne sont en lien avec l’élection présidentielle et législative. En revanche, la question qui se pose est la capacité de l'exécutif à renforcer l’éducation sur la Covid-19 et à faire naître une conscience de la responsabilité individuelle qui est le pendant de la liberté d’aller et venir. De ce point de vue les résultats sont très faibles. C’est pourquoi on observe la reprise des contaminations et ce pas uniquement en France. D’une part de nombreux Français n’ont pas un schéma vaccinal complet et d’autre part le nombre de Français qui ont été infectés par le virus a augmenté. Les plus susceptibles sont les non vaccinés qui n’ont pas eu la maladie et qui présentent des facteurs de risque. Il faut éduquer la population à une sortie de pandémie qui va se faire au mieux sur un an en l’absence de variants très différents de l’Omicron.L’important ce n’est pas que les masques ne soient plus obligatoires partout (cela ne change rien à leur efficacité qui est un des faits infalsifiables de cette pandémie), c’est que les personnes fragiles s’équipent de FFP2 adaptés à leur visage et qu’elles le portent dans tous les endroits clos même lorsqu'elles y séjournent pour une durée très courte. L’autre responsabilité c’est de porter correctement un masque dans les endroits clos même si on n’est pas une personne à risque afin de ne pas contaminer les autres. Il s’agit des magasins, transports, lieux de culte et d’autres.

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Les Français ont majoritairement confiance dans le vaccin et les mesures anti-transmission

Les négateurs de la pandémie sont plus discrets car leurs audiences télévisuelles sont en forte baisse.Les certitudes de pseudo-sachants nommés à vie ou anti-tout à vie ont été toutes contredites. Ces certitudes sont celles dont des patients ont fait les frais à cause des retards de traitement et des complications de traitements inefficaces. Tous ces égo-maniaques que les réseaux sociaux et les chaînes d’info en continu ont flattés pour de l’audience ont testé la rationalité des Français et ils ont perdu. Ils ont été renvoyés à leurs tristes obsessions, leurs paranoïas complotistes, leurs aveuglements mortifères.

L’innovation a démontré la force des applications médicales de la recherche

Vacciner c’est immuniser dans 90-95% des cas. 10% des vaccinés ont une réponse insuffisante. Il faut en tenir compte. Les antivax évacuent ce fait pour condamner le vaccin au motif qu’il ne marche pas à 100%! Alors que l’ARN messager de la protéine Spike est probablement un des vaccins les plus efficaces et le plus dépourvu d’effets indésirables graves. De même chercher n'est pas trouver. Il est même exceptionnel qu’un travail de recherche aboutisse à une innovation.C’est pourquoi la saga des innovations pour traiter la Covid-19 est si impressionnante. La vaccination ARN messager complète, le Paxlovid®, les anticorps monoclonaux sont des moyens puissants qui évitent les formes graves et les décès.A contrario, il est utile de rappeler que prescrire de l'azithromycine, de l’hydroxychloroquine ou de l’ivermectine peut conduire à des complications. Ces médicaments n’ont aucun effet sur la Covid-19.

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QU'EST-CE QU'UNE ÉPIDÉMIE ?

Une épidémie est une augmentation inattendue du nombre de cas de maladie dans une zone géographique spécifique. La fièvre jaune, la variole, la rougeole et la poliomyélite sont d'excellents exemples d'épidémies. Une maladie épidémique ne doit pas nécessairement être contagieuse. La fièvre du Nil occidental et l'augmentation rapide des taux d'obésité sont également considérées comme des épidémies. Le mot épidémie peut faire référence à une maladie ou à un autre comportement spécifique lié à la santé (par exemple, le tabagisme) en raison d’une prévalence supérieure à celle attendue dans une communauté ou une région.

QU'EST-CE QU'UNE PANDÉMIE ?

L’Organisation mondiale de la santé (OMS) déclare une pandémie lorsque la croissance d’une maladie est exponentielle et s’étend à plusieurs pays voire à la planète. Cela signifie que le nombre de cas monte en flèche et que chaque jour les cas augmentent plus que la veille. Déclarer une pandémie liée à un virus n'a rien à voir avec la virologie, l'immunité de la population ou la gravité de la maladie. Cela signifie qu'un virus couvre une vaste zone, affectant plusieurs pays et populations.

QUE SIGNIFIE ENDÉMIQUE ?

Une maladie est endémique lorsqu'elle est présente de manière durable (plusieurs années) mais reste limitée à une région particulière. Cela rend la propagation de la maladie et les taux prévisibles. Le paludisme, par exemple, est considéré comme endémique dans certains pays et régions. La grippe aussi.

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POURQUOI OMICRON A IMPACTE LE SYSTEME DE SOINS ?

LES NON IMMUNISES SONT MASSAVIEMENT INFECTES PAR LE BA. 2

Quoi qu’il en soit, c'est l’immunité acquise qui protège sûrement. Elle peut être post infectieuse ou post vaccinale ou les deux. Les personnes non vaccinées, les immunodéficients, les personnes vaccinées en fin d’immunisation sont fortement exposées car ce variant moins dangereux que le Delta envoie encore de nombreux patients à l’hôpital et en soins critiques. Ce qui caractérise l’Omicron c’est la diminution des formes graves essentiellement les atteintes du poumon (Figure N°1a, 1b) car ce variant du virus s’y développe moins.

Figure N°1a, 1b: Cultures ex vivo de bronches humaines (a) et de poumons (b) infectés par le WT (souche originale)et diverses variants du SARS-CoV-2 ou bien une culture contrôle (Mock) à 37 °C. Des coupes incluses dans la paraffine ont été analysées à l'aide d'une coloration immunohistochimique avec un anticorps polyclonal dirigé contre la nucléoprotéine SARS-CoV-2. Les cellules positives sont rouge-brun. Échelle, 100 μm. Le variant Omicron colonise massivement les cellules de la muqueuse bronchique mais très peu le poumon. Ces constatations peuvent expliquer une partie des faits cliniques c'est-à-dire un risque diminué de pneumopathie virale asphyxiante et de transfert en soins critiques.

Mais en revanche il est plus transmissible (donc plus de contaminations pour le même nombre de personnes infectées) et il échappe un peu plus aux anticorps neutralisants du vaccin que le Delta. Si bien que nous avons une mortalité journalière encore élevée et trop de patients en soins critiques.Cependant la situation s'améliore et la prospective jusqu'à la fin du printemps (Figure N°2) est plutôt celle d'une sortie de la pandémie active. Contrairement aux affirmations “rassuristes” qui ne prenaient en compte que le pourcentage de décès et non le nombre absolu de personnes infectées, nous avons franchi les 150 000 décès de la Covid-19 en France (Figure N°3).

Figure N°2: le nombre de décès Covid-19 journaliers et la prévision du modèle de l’IHME. Il y a peu d’incertitude à 3 mois.

Figure N°3: mortalité cumulée de la Covid-19 en France, le modèle de l’IHME tient compte de la mortalité hospitalière mais aussi des délais et erreurs dans les informations officielles au sujet des certificats de décès pour les morts non hospitalisés.

IL FAUT REVENIR SUR LA MORTALITE

La sous-estimation s’explique peu à peu


J’ai plusieurs fois expliqué dans des articles précédents que nous sous-estimons la mortalité de la Covid-19. C’est moins le cas en Europe qu’en Afrique ou en Asie mais grâce à des recherches basées sur des données qui apparaissent a posteriori dans les registres des morgues ou bien à cause de délais dans l’enregistrement des décès par voie non électronique nous approchons d’une évaluation avec un risque d’erreur diminué. The Economist en liaison avec l’OMS et d’autres institutions académiques actualise sur son site les décès de la pandémie à l'échelle mondiale. Les estimations officielles pour l'ensemble de la planète sont à multiplier par 3,3 pour avoir un intervalle de confiance de 95%.

Figure N°4: Ce graphique est maintenu à jour par The Economist à cette adresse électronique.

La perception de la mortalité réelle

Le dernier élément majeur est plutôt une question de perception de l’épidémie Omicron. Quand on atteint le pic épidémique au terme d’une croissance très exponentielle et que déjà les “rassuristes” prônent la levée de toute mesure contre la transmission, le chemin est long avant de revenir à zéro décès. Je dis zéro car c’est en effet l’objectif à atteindre, le minimum de transmission épidémique le plus tôt possible parmi les plus fragiles. En réalité, pour le système de soins, c’est l’aire de la courbe qui compte, le nombre de personnes hospitalisées est une fraction de la surface sous la courbe: au pic il reste au minimum autant de personnes nouvellement infectées à prendre en charge jusqu’au point de départ de la résurgence.

La mortalité comparée d’Omicron

Le taux de létalité de l'Omicron au Japon, basé sur les décès excédentaires cumulés et le nombre d'infections depuis janvier, était d'environ 0,13 %, selon une analyse de scientifiques qui conseillent le ministre de la Santé du pays. Bien que ce soit nettement inférieur au taux de létalité de 4,25% enregistré au début de l'épidémie, il est toujours supérieur aux 0,006% à 0,09% observés avec la grippe saisonnière. Ces données expliquent que les systèmes de soins sont perturbés.

POURQUOI LES SOUS VARIANTS D'OMICRON (BA. 1 ET 2) INFECTENT LES FRANCAIS EN NOMBRE ?

J’ai expliqué les caractéristiques d’Omicron en décembre 2021 et pour l’essentiel ces données sont valides.

Le changement conjoncturel c’est la levée des mesures coercitives anti-transmission depuis le 15 mars 2022

En général la levée des barrières à la transmission en présence d’un virus très transmissible dans une phase de transition entre une pandémie et une épidémie ne peut conduire qu’à plus d’infections. Or c’est exactement ce que nous observons avec la disparition du port du masque et l’augmentation des regroupements sans éloignement interpersonnel.

Figure N°5: Les nouveaux cas en France au 27 mars 2022 (Our World in Data)

Fort heureusement l’impact sur le système de soins se déplace dans l’échelle de la gravité des cas. Proportionnellement il y a plus de cas mais moins de décès et moins de transfert en soins critiques. C’est pourquoi contrairement à ce qui se passe il faut cibler les mesures qui diminuent la transmission, cette fois de manière volontaire. C’est essentiel. Les données sont connues, les lieux clos sont extrêmement à risque de transmission très rapide entre les personnes présentes; c’est pourquoi les personnes à risque doivent porter un masque FFP2, la ventilation des locaux doit être une routine, ces mêmes personnes doivent respecter les 2 mètres d’éloignement. Les personnes fragiles qui sont beaucoup plus nombreuses qu’estimé par elles-mêmes ou même par les médecins doivent être responsables et prudentes. Pour autant il y a des lieux où l’éloignement interpersonnel n’est pas organisé, ou possible… Les dernières barrières, je veux parler des défenses immunitaires, doivent être vérifiées. Compléter les schémas vaccinaux et même la première dose pour certains qui ne sont toujours pas vaccinés, vérifier l’immunisation chez les personnes à risque par un suivi personnalisé de la vaccination, ces actions sont essentielles pour cette population de personnes à risque et n’ont plus de sens pour les autres. Nous passons progressivement de mesures dites populationnelles à des mesures ciblées et personnalisées. L'obstacle, ce sont les difficultés d’accès au système de soins en raison de l’effet disruptif de la pénurie de temps de soin tant chez les médecins de famille que chez les spécialistes ou dans les consultations hospitalières. Ceci n’a pas débuté avec la pandémie mais cette dernière l’a aggravé. Plus de mesures obligatoires ne signifie pas supprimer ces mesures de nos comportements. C’est notre responsabilité de les adopter de manière volontaire. Tout d’abord les personnes fragiles mais aussi les autres en lieux clos.

Les ré-infections sont dues une diminution de la sensibilité d’Omicron aux anticorps vaccinaux (évasion immunitaire)

Omicron et ses sous variants sont moins neutralisés par les anticorps vaccinaux dirigés contre la protéine Spike de la souche sauvage. Si le taux d’anticorps neutralisants est plus faible avec le temps ou bien si une immunodéficience nouvelle survient, la ré-infection se produit. Nous sommes passés de 1% à 10% de ré-infections avec Omicron.

LA COVID-19 IMMUNISE, LE VACCIN AUSSI ET LES RAPPELS RENFORCENT

LE VACCIN AVEC UN SCHEMA COMPLET EST UNE BINNE ASSURANCE CONTRE LE RISQUE MORTEL ET DE FORMES GRAVES

Est-ce que le vaccin marche?

C’est une interrogation légitime quand elle n’est pas rhétorique. Les vaccins contre la Covid-19 ont été conçus pour éviter la mort. En effet, en février 2020 et dans les semaines qui ont suivi le Sars-CoV-2 a entraîné de nombreux décès. C’est le but assigné aux vaccins par la FDA dans le cadre de l’Operation Warp Speed de l’administration Trump. De surcroît la diminution des formes graves et des décès devait excéder 75% pour envisager une autorisation en urgence (Emergency Use Authorization). Le vaccin avec un schéma complet est une bonne assurance contre le risque mortel et de formes graves. De ce point de vue, le vaccin marche. Ceci est incontestable même avec les derniers variants. En revanche, le vaccin, conçu pour éviter les formes graves, ne diminue que de 30% environ la transmission de l’Omicron. Le BA.2 est plus transmissible que le BA.1. En revanche avec le BA.2 la diminution de la transmission chez les vaccinés est plus importante qu’avec le BA.1. Pour autant ce type de vaccin intra-musculaire ne réduit pas suffisamment la transmission et il faudra attendre d’autres voies d’administration pour espérer une amélioration si l’épidémie continue sur plusieurs années ce qui est possible.

LA MALADIE IMMUNISE DE MANIERE HETEROGENE LES POPULATIONS 

La maladie est suivie chez certains patients d’une immunisation de très grande qualité, en quantité d’anticorps mais aussi en durée (Figure N°6). Il s’agit de l’immunité humorale mais aussi cellulaire et de la production d’interféron. Bien évidemment c’est au prix d’un risque: il faut guérir et ne pas avoir de séquelles. C’est maintenant bien établi. Mais contrairement à ce qu’avance les “naturalistes” cette immunisation est hétérogène (Figure N°6). La « croyance » que l’immunité naturelle ou post infectieuse est toujours suffisante voire excellente est tout simplement fausse. Comme toute réponse physiologique la réponse individuelle se distribue de manière normale autour d’une moyenne. L’écart type est assez grand et explique des ré-infections car le taux d’anticorps neutralisants circulant est faible depuis le début chez certains. Notons que sur la Figure N°6 l’échelle de l’axe des ordonnées est logarithmique et on peut constater qu’il existe des patients guéris qui ont cent fois moins d’anticorps anti RGB circulants que la moyenne. Or Omicron n'échappe pas à la défense immunitaire acquise mais a besoin d'une concentration plus élevée d'anticorps neutralisants.

Figure N°6: La réponse très variable mais potentiellement durable de l’immunité humorale après la Covid-19.

LES RAPPELS DE VACCINATION AMELIORENT LA REPONSE

La figure à retenir est la Figure N°7. La maladie (à condition de guérir sans complications, ni séquelles ou handicap à long terme) provoque une réponse immunitaire humorale (anticorps) durable. Mais la vaccination aussi. Les données sur l’immunité cellulaire sur des groupes de petite taille confirment ces résultats dans les deux types d’immunisation. Le slogan de la sortie progressive de la pandémie est plutôt: “personnes à risque, toutes immunisées mieux protégées”. Il est probable que les personnes à risque doivent rester immunisées au moins jusqu'au printemps 2023 pour diminuer la mortalité.

Figure N°7: Après deux doses de vaccin à ARNm, il y a une neutralisation minimale d'Omicron médiée par les anticorps. Une neutralisation robuste d'Omicron se développe après une troisième dose de vaccin à ARNm. L'ampleur de la neutralisation d'Omicron après une troisième dose (rappel) est comparable à la neutralisation de Delta après deux doses. Une quatrième dose (deuxième rappel) a-t-elle le potentiel d'améliorer encore l'ampleur et la durabilité de la réponse immunitaire? Les lignes pointillées indiquent des niveaux de réponse hypothétiques. Il est important d’identifier les personnes qui ont une réponse faible après la troisième dose. Ceci est possible puisque nous entrons dans une période de faible transmission. C’est le retour d’une médecine personnalisée après la nécessité d’une médecine populationnelle.

Au-delà, la situation est imprévisible tant au sujet du nouveau vaccin de Pfizer que de nouveaux variants. Le défi, pour le système de soins est de taille car il s’agit d’abord d’identifier les personnes à risque, un sujet qui demande une évaluation clinico-biologique dès que le résultat du test PCR est connu. Ensuite il faut passer à une médecine personnalisée dans un contexte de pénurie de l’accès aux consultations médicales mais aussi de difficultés à se saisir des données de la littérature scientifique dans la pratique quotidienne comme le démontre la sous utilisation du Paxlovid®. Enfin il faut être vigilant sur le suivi. Un exemple, la réadaptation cardio-respiratoire est peu utilisée alors qu’elle est essentielle pour récupérer physiquement de cette infection le plus souvent asthéniante.


PERSONNES À RISQUE DE FORMES GRAVES, TROIS PILIERS, DIAGNOSTIC, PRÉVENTION, TRAITEMENT

1/ Identifier le patient selon un score de risque clinico-biologique

2/ Finaliser le schéma vaccinal y compris la 4ème dose si nécessaire après avoir vérifié l’immunisation humorale (anticorps anti spike RBD)

3/ Prescrire le Paxlovid® avant le 5ème jour quand une personne à risque a un test PCR positif


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