Variant Omicron : ces premières nouvelles en demi-teintes sur l’efficacité des vaccins

Il paraît que la "la vitesse de progression de l'épidémie ralentit". C'est juste la 5ème vague, donc ce n'est jamais que la 5ème fois que les "jours heureux" vont être de retour.  Petit rappel au sujet d'Omicron, en vue du 6ème retour des "jours heureux". Voici les alertes danoises et britanniques à propos d'Omicron.

Le Danemark est un des pays qui séquence le plus, avec le Royaume-Uni : On observe une circulation communautaire d'Omicron avec une progression apparente de >50% par semaine.

L’alerte britannique est accompagnée d'une modélisation aboutissant à une conclusion qu'on n'a vraiment pas envie de voir se concrétiser = R-eff à 3,47 ! (le R-eff de Delta est actuellement légèrement >1 au Royaume-Uni !). 

Pour rappel, le R-eff observé actuellement est la moyenne des R-eff de tous les variants en circulation, pondérée par le pourcentage de ces variants dans la population virale circulante... 

Si Omicron a bien un R-eff à 3,47 ; alors son "poids" dans le R-eff global va rapidement se ressentir au fur et à mesure qu'il approche du statut de "variant majoritaire". Plus il va tendre vers 100% des souches en circulation, plus le R-eff global va tendre vers R-eff d'Omicron, soit 3,47.

Pour devancer les commentaires style "mais Omicron est moins virulent que la grippe", voici quelques petits rappels. D'une part, Omicron n'a pas du tout perdu en virulence, bien au contraire. L'Afrique du Sud signale une forte hausse des taux d'hospitalisation, notamment chez les non-vaccinés, et chez les enfants de moins de 5 ans (inédit là-bas). Il ne faut pas oublier que la moyenne d'âge en en Afrique du Sud est de 19 ans, contre 41 ans en France. Plus de 70% de la population sudafricaine a déjà été infectée, et donc les vaccinations ultérieures ont généré des taux d'anticorps importants (uniquement atteints après 3 doses si on n'a pas d’antécédent d'infection).

Or sans même avoir besoin de gagner en virulence, le simple gain de transmissibilité va suffire à décupler la morbi-mortalité induite par ce variant.

A cela, risque de s'ajouter l'échappement immunitaire.

Concernant les résultats de neutralisation pour Omicron, les nouvelles ne sont pas très bonnes. Le terme de « neutralisation » fait référence à l’action de certains de nos anticorps, capables de se fixer sur la protéine Spike et ainsi d’empêcher le virus d’entrer dans nos cellules. Ce sont ces anticorps qui sont le support de l’efficacité vaccinale.

L'élément le plus informatif de la publication est résumé dans ce graphe et sa légende. Source : https://sigallab.net/

En orange les patients ayant reçu 2 deux doses de Pfizer. En vert les patients ayant eu le Covid puis 2 deux doses de Pfizer.

On commence par la plus mauvaise nouvelle : ceux qui n'ont eu que 2 doses de Pfizer ne semblent plus capables de neutraliser Omicron. En clair, s'ils rencontrent Omicron, leur risque clinique est maximal (environ égal à celui d'avant vaccination selon leur âge, comorbidités, sexe...).

Pour comprendre ce phénomène, il faut imaginer qu'ils ont toujours autant d'anticorps en eux, mais la fraction qui reste active contre Omicron tend vers 0. C'est donc comme s'ils faisaient un bon dans le futur et se retrouvaient avec un taux d'anticorps très bas. 

La moins mauvaise nouvelle est que ceux qui ont eu le Covid et deux doses de vaccin, perdent aussi fortement leurs capacités de neutralisation, mais conservent un plus grand nombre d'anticorps neutralisants (NAbs) actifs contre Omicron. 

Qu'est-ce que cela signifie ?

Comme évoqué récemment, ces individus sont ceux qui produisent le plus de NAbs (à égalité avec ceux qui n'ont pas été infectés et qui reçoivent trois doses), comme je l’expliquais ici.

En produisant en moyenne 10x plus de NAbs que ceux qui n'ont eu que deux doses, ceux qui ont eu le covid et deux ou bien trois doses ont plus de chance de conserver une protection contre Omicron, tout simplement parce que le pourcentage de NAbs qui reste actif porte sur un stock plus important... 

Par contre, cette protection ne sera probablement pas de longue durée. Puisqu'ils ont aussi un pourcentage important de leur NAbs qui devient inactif face à Omicron, c'est là encore l'équivalent d'un fort bon dans le futur.

Cela équivaut à avoir une protection correspondant à une vaccination qui paraît beaucoup plus ancienne que ce qu'elle n'est. J'avais déjà évoqué ce phénomène il y a plusieurs mois.

En clair, qu'est-ce que cela laisse entrevoir pour le moyen terme ? L'efficacité vaccinale va significativement baisser face à Omicron.

Un pourcentage plus grand de la population va être à risque face à ce variant, malgré un statut de vacciné... En parallèle, il semble qu'Omicron soit également plus transmissible que Delta.

Le cumul de ces deux phénomènes va conduire à une hausse de la circulation virale, et donc de la morbi-mortalité. La situation hospitalière risque donc d'être très compliquée pour les mois à venir... 

A titre personnel, je ne peux que recommander l'accès le plus rapide à la troisième dose, afin de maximiser les chances de conserver une protection face à Omicron. Mais il est très probable qu'une mise à jour vaccinale soit nécessaire (elle est déjà en cours). Elle ne sera pas disponible avant au moins 3 à 6 mois (au mieux), mais surtout, rien ne garantit qu'elle mettra efficacement à jour notre réponse immunitaire (cela devrait fonctionner, mais l'hypothèse de l'effet Hoskins plane toujours parmi les immunologistes). Dans tous les cas, il va être impératif de s'opposer à la circulation virale, mais il n'est plus possible d'imposer des restrictions/confinements à la population.

Une autre étude, réalisée à Francfort, montre tout d'abord que pour les vaccinés 2 doses ayant reçu leur seconde injection depuis 6 mois, il y a 0% de neutralisation contre Omicron. Ces résultats valent pour 2x Pfizer ou 2x ModeRNA ou 1xAstraZeneca + 1xPfizer

Cela corrobore les déclarations de Pfizer : sans 3ème dose, le vaccin ne fonctionne plus. 

Plus embêtant mais attendu, avec une 3ème dose, on retrouve une capacité de neutralisation mais elle reste fortement réduite face à Omicron. 3 mois après le booster Pfizer, la neutralisation passe de 95% (contre Delta) à seulement 25% (contre Omicron).  Cela se traduira par une baisse de l'efficacité vaccinale (c'est-à-dire du pourcentage de baisse du taux d'incidence des formes sévères chez les vaccinés VS non-vaccinés ou vaccinés 2 doses).

Il faudra attendre les données cliniques pour quantifier cet impact, mais il y en aura un. Enfin, une mauvaise nouvelle, notamment pour les immunodéprimés qui ne bénéficient pas de l'efficacité vaccinale, le Ronaprève (anticorps monoclonaux = casirivimab + imdevimab) ne semble plus avoir d'activité contre Omicron (courbe rouge du graphique D).

La seule solution est d'enfin agir les points suivants :

Les mesures barrières contre la transmission virale pour éviter d'en arriver au Stop & Go... Donc en priorité l'aération des lieux clos pour maintenir un seuil inférieur à 700ppm de CO2, les masques FFP2 en lieux clos, ou dans les zones à trop forte densité (transports publics, commerces, foules...). Le télétravail pour tous les postes qui le peuvent pour baisser la densité dans les transports et sur le lieu de travail et ainsi protèger aussi ceux qui restent en présentiel. Le tester / tracer / isoler, en développant enfin un vrai tracing via les traces numériques (notamment via une appli obligatoire). Également les tests itératifs dans les écoles (pour éviter d'en arriver à les fermer) = 2 à 3 tests par semaine pour tous les élèves/personnels de façon à isoler les cas et contacts plus rapidement que le virus ne progresse...

Si ces données sont confirmées (on le saura très vite vu le nombre de labos qui testent Omicron actuellement), le 1er semestre 2022 risque d'être très mouvementé. Mieux vaut être prévenu (je ne suis pas partisan du rassurisme, désolé). 

Le terme de « neutralisation » fait référence à l’action de certains de nos anticorps, capables de se fixer sur la protéine Spike et ainsi d’empêcher le virus d’entrer dans nos cellules. Ce sont ces anticorps qui sont le support de l’efficacité vaccinale.

Le fait que nos capacités de neutralisation soient autant réduites face à Omicron, amène à une certaine « inquiétude » quant à l’efficacité vaccinale.

On sait que la 3^ème dose rétablit de bonnes capacités de neutralisation ; mais on voit qu’au bout de 3 mois elles ne sont plus que de 25% (alors qu’elles persistent à 95% contre Delta). Donc impossible de se prononcer en terme d’efficacité clinique de ces 3èmes doses, ni en termes de durée de protection après la 3^ème dose.

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