Covid-19 : pourquoi la phase actuelle est particulièrement critique

Antoine Flahault : Avoir un R (taux de reproduction) en plateau à 1 n'est pas quelque chose d'attendu avec les mesures actuellement en œuvre qui sont exceptionnellement fortes : couvre-feu à 18h, fermeture des bars et restaurants, arrêt de la vie culturelle et sportive. Ce n'est pas qu’elles n’ont aucun effet, c'est qu'il y a des nouveaux variants qui tirent vers le haut le taux de reproduction et qui empêchent les mesures d'avoir l'efficacité attendue.

Dans cette période de circulation active du virus (20 000 cas par jour en France), on a un risque très important que se multiplient des variants nouveaux et que prolifèrent les variants les plus transmissibles. Cela crée toutes les conditions pour une troisième vague.

Les Danois ou les Portugais ont souhaité écraser la circulation virus pour ne pas laisser la place aux variants de prendre le dessus. Il n'est pas certain qu'ils puissent y arriver. Les Irlandais ont connu durant leur deuxième phase une réduction drastique de leur incidence grâce à leur confinement mais tout a redémarré avec le variant anglais. Il est donc difficile de prédire qu'un pays qui a réussi à réduire l’incidence à la force d'un confinement strict (comme en Allemagne, Portugal, Irlande, Grande-Bretagne ou Danemark) va réussir à maintenir la décrue.

Ce raisonnement se réfère à la théorie de l'évolution. Les variants sont le fruit d’une mutation du virus lorsqu'il se réplique. Plus le virus circule, plus il se réplique et plus le nombre de mutations augmente. 

Les mutations n'ont pas d'intelligence propre. Elles n'ont qu'une propension à suivre les mécanismes de l'évolution. Elles recherchent un espace privilégié pour se répandre plus facilement. Si vous n'avez pas contrôlé la circulation du virus, il y a un espace pour se répandre. Si une souche plus transmissible apparaît (pas nécessairement plus sévère), alors elle va prendre le dessus. Le risque désormais, c'est que la sélection naturelle favorise des souches qui contournent l'efficacité du vaccin.

Si toute la population est vaccinée et que le virus ne circule presque plus, la probabilité qu'émerge un variant qui soit résistant à la vaccination est faible car il n'y a plus de réplication du virus.

Si on est dans une situation d'entre-deux où une partie des gens est vaccinée mais où une majorité ne l'est pas, il y aura davantage de mutations. Si le virus mute plus souvent, la probabilité de voir un jour émerger, par le fait du hasard, un variant qui a la mutation lui permettant de contourner l'immunité vaccinale augmente. Cette mutation peut prendre le dessus puisqu’il y a toute une partie de la population, vaccinée, qu'on peut à nouveau réattaquer et qui représente un réservoir nouveau pour se développer.

La phase actuelle de l’épidémie, c'est la théorie de l'évolution en application. Au début de l’épidémie, il n’y a aucune raison qu’un variant résistant au vaccin émerge car le vaccin ne gêne pas le virus. Il y a peut-être eu des mutations qui ont contourné l'efficacité du vaccin mais elles n'ont pas eu de raisons d'être sélectionnées. Même si un variant de la sorte était apparu il y a quelques mois, il n’y avait presque aucune chance pour qu'il soit sélectionné parmi les autres. En revanche, les variants qui en plus de porter un avantage sur la transmissibilité ont des propriétés de contournement du vaccin ont désormais plus de chance d’être sélectionnés car le vaccin commence à gêner la progression du virus. Donc c'est un peu une course contre la montre. Il faut aller vite car on peut s'attendre à l'apparition d'un variant résistant aux vaccins. Il faut ne pas rester trop longtemps dans cette situation d'entre-deux

On a en Europe trois typologies épidémiologiques différentes. L’épidémie est à la décrue au Portugal, en Suisse, en Grande Bretagne, en Irlande, en Espagne (également en Allemagne, au Danemark et aux Pays-Bas mais ce sont des pays où les contaminations ont cessé de diminuer). Il y a ensuite des pays qui sont en plateau depuis quasiment le début du mois de décembre : l’Italie, la France, la Belgique... Enfin, il y a dans l'est de l'Europe des pays déjà en situation de troisième vague : la République tchèque, la Hongrie, la Pologne et l'Autriche.

On est incapable de prédire la situation à long terme. On peut simplement regarder les autres pays comme des scénarios possibles de ce qui peut nous arriver. Ces trois scénarios sont sur la table et sont possibles.

Si certains pays en bonne voie arrivent dans une zone de sécurité, ils pourraient être tentés par la stratégie Zéro Covid (même si toute l’Europe n'est pas capable de la mettre en œuvre aujourd’hui). C'est un peu ce que l'on voit déjà avec l'Allemagne qui protège ses frontières de l'est et envisage de le faire avec la Moselle. 

Chacun des trois groupes de pays décrits plus haut peut avoir une attitude très différente. Les pays de l'est de l'Europe (incluant l'Autriche) risquent à moyen terme de reconfiner complètement, écoles incluses. Les pays en décrue pourraient décider entre eux de se mettre en zone verte « Zéro Covid ». C’est-à-dire se bunkeriser et vivre à l’intérieur de leurs frontières de façon quasi normale tout en traquant le moindre démarrage de foyer. Enfin, les pays qui sont entre les deux auront besoin de se positionner sur l'une ou l'autre des stratégies : attendre et reconfiner seulement si l’épidémie remonte, ou continuer les efforts pour faire redescendre les chiffres et rejoindre la zone verte de leurs homologues européens.