Titulaire d'une thèse de doctorat en sciences économiques de l'Université de Paris I et ingénieur de l'Ecole Centrale de Paris, Jean Fouré est également Directeur de recherche à l'INRA. 

Il a dirigé le programme "Modèles et bases de données du commerce international" du CEPII de 2001 à 2005, avant d'occuper le poste d'économiste senior au Département économie de l'OCDE (2005-2006). Il a ensuite rejoint l'INRA en tant que Directeur de recherche, collaborant également avec le CEPII comme conseiller scientifique, jusqu'à sa nomination au poste de directeur du CEPII en décembre 2012.