Pourquoi prendre des probiotiques après des antibiotiques ne fonctionne pas

Atlantico : Une étude menée le Weizmann Institute of Science en Israël tend à démontrer l'inefficacité de la prise de probiotiques après un traitement antibiotique. Comment expliquer ces résultats qui vont à l'encontre de l'idée que l'on se fait de l'efficacité des probiotiques ?

Stéphane Gayet : Les bactéries intestinales ne sont pas comme le charbon d’un foyer que l’on recharge quand il se vide.

Le microbiote intestinal en quelques mots

Le corps humain est constitué de molécules qui forment des microstructures organisées en micro organites, eux-mêmes organisés en cellules vivantes. La cellule vivante est la plus petite unité de vie, comportant un noyau abritant le génome, c’est-à-dire l’ensemble des caractères génétiques – héréditairement transmis – qui sont communs à toutes les cellules d’un même être vivant et qui sont codés sous forme d’ADN ou acide désoxyribonucléique. Les cellules sont regroupées en tissus, eux-mêmes organisés en organes qui forment des appareils (appareil digestif, appareil respiratoire, appareil urinaire…).

Au total, le corps humain serait constitué de quelque 10000 à 100000 milliards – selon les estimations, vraiment difficiles à réaliser – de cellules vivantes.

Mais nous ne sommes pas seuls : nous partageons notre existence avec des bactéries qui vivent en bonne intelligence avec nous. Elles ne sont pas dans notre corps, mais à la surface de notre peau et de nos muqueuses (muqueuses buccale, nasale, pharyngée, laryngée, trachéale, œsophagienne, intestinale, rectale et génitale). Ces bactéries sont des êtres vivants, donc des êtres biotiques – à la différence des virus qui sont des microorganismes non biotiques. Une bactérie est l’être vivant le plus simple et le plus petit que l’on connaisse : pas de noyau vrai, mais un appareil nucléaire contenant un chromosome ; pas de mitochondrie et une très petite taille. Selon une dimension, une bactérie est grossièrement de l’ordre de 30 fois plus petite que nos cellules ; selon deux dimensions, environ 900 fois plus petite (en surface) et selon trois dimensions, environ 27 000 fois plus petite (en volume). Schématiquement, nos cellules ont donc en moyenne un volume de l’ordre de 30000 fois celui d’une bactérie (le rapport de tailles entre les bactéries et les virus est à peu près du même ordre). Ce rapport de tailles entre nos cellules et les bactéries explique qu’on puisse les trouver en très grand nombre dans les innombrables replis microscopiques de notre peau et de nos muqueuses. Mais, en dépit de leur si petite taille (millième de millimètre), elles sont des êtres cellulaires vivants qui respirent, se nourrissent et se divisent.

Toutes ces bactéries qui vivent en permanence sur notre peau et nos muqueuses font partie intégrante de notre corps. Non seulement elles sont commensales – elles y trouvent leur nourriture sans nous nuire -, mais de plus elles sont souvent symbiotiques – elles y trouvent leur nourriture et nous sont utiles. Il faut ajouter ici que l’adjectif saprophyte est souvent confondu avec l’adjectif commensal : les bactéries saprophytes vivent dans la nature et se nourrissent de végétaux en décomposition et elles n’ont pas de rapports avec nous.

Nos ensembles de bactéries simplement commensales ou symbiotiques ont longtemps été appelés « flores bactériennes ». Cette expression est abandonnée, ne serait-ce que parce que le terme de flore appartient au règne végétal, ce qui n’est pas le cas des bactéries qui n’appartiennent ni au règne végétal ni au règne animal. Le terme microbiote est le terme adéquat. Il désigne des microorganismes biotiques de notre corps. On distingue les microbiotes cutané, buccal, trachéal, génital… Le microbiote intestinal est de très loin le plus abondant. Il est réparti entre l’intestin grêle et le gros intestin ou côlon, avec une large prédominance dans le côlon. Il est constitué d’une énormepopulation de bactéries : plus de 100000 milliards de bactéries, soit plus que nous n’avons de cellules dans notre corps. Cette masse de bactéries est estimée entre un et deux kilos. On évalue entre 100 et 200 le nombre d’espècesbactériennes différentes qui composent le microbiote intestinal. Ce sont principalement des bactéries anaérobies – qui sont tuées plus ou moins rapidement par l’oxygène - et nous ne savons cultiver que 20 à 30 % d’entre elles, ce qui revient à dire que le microbiote intestinal reste fort mal connu.

Les fonctions digestives du microbiote intestinal

C’est en constatant que le microbiote intestinal était significativement modifié dans certaines maladies chroniques, telles que les maladies intestinales inflammatoires et le diabète de type 2, que l’on a découvert son rôle majeur dans le bon état de santé des intestins. Mais on savait déjà qu’il participait à la synthèse de certaines vitamines et facilitait la digestion de certains aliments. En fait, c’est bien peu dire : la vérité est que sa richesse, sa diversité et en fin de compte son état de santé sont déterminants pour le bon fonctionnement de nos intestins. De surcroît, le microbiote intestinal agit sur des organes variés, situés à distance de l’appareil digestif (glandes hormonales, système nerveux central…).

L’étude du microbiote intestinal – permise grâce aux outils numériques appliqués à la biologie moléculaire – nous a ainsi amenés à découvrir des fonctions que nous ne soupçonnions pas. À telle enseigne qu’il est aujourd’hui interprété comme un organe supplémentaire (un à deux kilos) dont le bon état conditionne tout notre être. Quelle évolution des idées depuis l’époque où l’on pensait que les bactéries étaient nos ennemies ! On sait à présent qu’elles sont essentiellement nos amies. C’est comme si l’on ne retenait des abeilles que le fait qu’elles piquent en inoculant du venin : les abeilles sont avant tout nos amies qui fabriquent trois produits exceptionnels – la cire, le miel et la gelée royale – et qui pollinisent les fleurs.

Les effets d’un traitement antibiotique sur le microbiote intestinal

Tous les antibiotiques systémiques ou topiques intestinaux – qui agissent dans l’intestin sans diffuser dans le corps – ont un effet sur le microbiote intestinal. Les plus néfastes sont ceux qui cumulent un spectre d’activité large comportant les bactéries anaérobies, une puissance d’action importante (antibiotiques bactéricides) et une absorption digestive lente et incomplète. Lorsqu’il s’agit d’un antibiotique – a fortiori de deux pris simultanément – nocif pour le microbiote intestinal, des troubles fonctionnels surviennent : nausées, baisse de l’appétit, douleurs abdominales, ballonnements, émissions de gaz, diarrhée, amaigrissement, fatigue… Au minimum, il s’agit d’un « dysmicrobisme » intestinal que l’on appelle de plus en plus souvent une « dysbiose ». Au maximum, c’est une entérite ou plutôt une colite aiguë infectieuse qui est liée à la prolifération d’une espèce pathogène préexistante et non sensible aux antibiotiques administrés (en effet, nous avons de façon presque systématique des bactéries pathogènes latentes dans notre intestin) : le cas le plus grave est la colite aiguë à Clostridium difficile qui, dans sa forme grave, associe de la fièvre, une altération de l’état général, une diarrhée liquide et particulièrement nauséabonde et des douleurs abdominales ; cette maladie peut entraîner la mort.

Une dysbiose finit par guérir seule à l’arrêt du ou des antibiotiques, mais cela prend des jours ; une colite aiguë infectieuse à Clostridium difficile a beaucoup de mal à guérir seule : un traitement médical est souvent nécessaire.

Il est utile de préciser que cet effet très fréquent des antibiotiques sur le microbiote intestinal s’ajoute à leurs autres effets secondaires, variables selon la famille et la molécule d’antibiotique (foie, reins, système nerveux, articulations, tendons, système immunitaire…).

Ce que sont les probiotiques et ce qu’ils peuvent nous apporter

Un peu comme les jus de fruits composés et enrichis en vitamines qu’une majorité de personnes consomme chaque matin et qui sont des cocktails chimiques n’ayant plus grand-chose à voir avec les fruits frais originels, les probiotiques sont loin d’avoir les effets que l’on escompte.

On distingue à ce jour quatre types de produits «biotiques» : les prébiotiques, les probiotiques, les post-biotiques et les antibiotiques. Les prébiotiques sont des substances qui résistent à la digestion et l'absorption intestinales, et servent de substrat – c’est-à-dire qu’elles leur permettent de se développer - aux bactéries (et levures : champignons microscopiques) du côlon. Le principe des prébiotiques est qu'ils ne nous nourrissent pas directement, mais nourrissent les bactéries de notre gros intestin ou côlon. Donc, le glucose et le saccharose n'en sont pas ; en revanche, la cellulose (un sucre complexe : polymère du glucose et substance constitutive de la paroi des cellules végétales) et l'inuline (un autre sucre complexe qui est proche de l'amidon : chicorée, artichaut, poireau, oignon, ail) sont deux prébiotiques majeurs. Les probiotiques sont très différents : il s’agit de produits alimentaires contenant des microorganismes vivants (bactéries et levures) qui sont dépourvus de tout pouvoir pathogène et possèdent les caractéristiques voulues pour rejoindre le microbiote intestinal ; les probiotiques sont donc censés exercer un effet bénéfique sur l'intestin de l'organisme qui les ingère (exemple: les yaourts). Quant aux post-biotiques, ce sont des produits qui résultent du catabolisme bactérien intestinal : c’est un terme récent, générique et même un peu « valise », regroupant les produits de dégradation des prébiotiques, des semi-prébiotiques ainsi que des bactéries elles-mêmes. Les semi-prébiotiques sont des substances que nous avons du mal à digérer nous-mêmes et que les bactéries transforment facilement : le lactose (glucose plus galactose) est un semi-prébiotique ; l’insuffisance de lactase (l’enzyme qui décompose le lactose en glucose et en galactose) est fréquente chez l’homme, alors que les bactéries lactiques fermentent facilement le lactose en acide lactique qui peut donc être considéré comme un post-biotique.

Enfin, les antibiotiques sont des substances qui tuent les bactéries (qu'ils soient bactériostatiques ou bactéricides).

Ce qu’a montré cette étude sur l’apport des probiotiques

Cette étude a montré que l’administration de probiotiques après un traitement antibiotique n’avait aucun effet favorable sur le rétablissement du microbiote intestinal. C’est un pavé jeté dans la mare, tellement les probiotiques sont à ce jour promus et largement consommés. Et ce n’est pas tout : les personnes ayant reçu un antibiotique à large spectre qui altère significativement le microbiote intestinal, ont été réparties en trois groupes, après la fin du traitement antibiotique : le premier groupe n’a pas été traité ; le deuxième a été traité par probiotique ; le troisième par auto-transplantation fécale (administration d’un concentré fécal prélevé avant le traitement antibiotique). Or, c’est dans ce troisième groupe que l’on a constaté le meilleur rétablissement du microbiote intestinal, alors que c’est dans le deuxième qu’il s’est le plus mal rétabli.

Toutefois, une méta-analyse (analyse synthétique de plusieurs études) a conclu au fait que les probiotiques sont souvent efficaces pour guérir ou prévenir la diarrhée due à un traitement antibiotique (diarrhée bactérienne ou fongique), mais c’est là un effet passager de compétition microbienne, qui n’a rien à voir avec la reconstitution du microbiote intestinal initial. En d’autres termes, les probiotiques peuvent être efficaces vis-à-vis de la diarrhée per antibiotique (pendant) ou post antibiotique (juste après), mais pas vis-à-vis de la santé du microbiote. En revanche, une autre étude a montré que le fait d’administrer des probiotiques lors d’une diarrhée virale était non seulement inefficace, mais néfaste.

C’est donc encore une idée reçue fortement ancrée dans la population, y compris chez les professionnels de santé, qui est bousculée à la lumière d’une étude scientifique sérieuse.

Honnêtement, compte tenu de ce que l’on sait aujourd’hui du microbiote intestinal – 100 à 200 espèces différentes, grande complexité et grande variabilité d’un individu à l’autre -, on n’est pas étonné en apprenant que le fait d’administrer une ou deux souches bactériennes de laboratoire ne suffise pas à le restaurer. Les idées simples sont souvent séduisantes, mais pas souvent fructueuses.

Quels peuvent être les effets indésirables, voire néfastes, de la prise de probiotiques ?

Les probiotiques peuvent créer un déséquilibre dans le microbiote intestinal et donc produire un effet contraire de l’effet recherché. De fait, l’étude citée en référence a montré que l’administration de probiotiques après un antibiotique, loin de faciliter la restauration du microbiote intestinal initial, gênait au contraire cette restauration.

Par ailleurs, il est arrivé qu’un probiotique fongique (champignon microscopique de type levure et non pathogène) ayant été administré pendant ou après un traitement antibiotique, favorise une infection fongique chez des sujets fragiles.

Faut-il alors revoir cette habitude de prescription?

Il est certain que cette information est explosive. Il est démontré que le fait de prendre des probiotiques ne permettait en rien d’obtenir un microbiote intestinal de qualité, particulièrement après sa dégradation par un traitement antibiotique à large spectre. En revanche, les probiotiques peuvent permettre de lutter contre la diarrhée liée à la prise d’antibiotiques.

Mais en toute chose il faut être prudent : cette étude devra être confirmée. Toutefois, force est d’admettre que l’idée selon laquelle l’ingestion d’une ou de deux espèces bactériennes normalisées de laboratoire puisse aider à obtenir un microbiote intestinal de qualité ou à le reconstituer après sa dégradation, est tout de même bien simpliste.

Il est nettement plus avisé de consommer des fruits et légumes frais, surtout pas transformés ni même pasteurisés, qui sont riches en bactéries et font partie des nombreuses sources de bactéries exogènes, sources contre lesquelles nous avons naïvement et erronément lutté pendant des décennies. Une nouvelle leçon d’humilité et de sagesse.