Vaccins anti-Covid : quelle efficacité face aux nouveaux variants ?

Pourquoi les virus mutent-ils ? Qu’est-ce qu’un variant ?

Par définition, les virus mutent en permanence pour s’adapter aux hôtes qu’ils viennent contaminer. Plus les virus se répandent et plus ils doivent muter afin de rester toujours "performants". Mais lorsque les virus se multiplient dans les cellules, leur "recopiage" peut induire des changements de leur séquence génétique. On parle alors de "variants" ou de "souches variantes" pour désigner des souches virales sur lesquelles se sont fixées plusieurs mutations. Si ces mutations sont sans incidence la plupart du temps, certaines peuvent permettre aux virus de pénétrer plus facilement dans les cellules, de s'y multiplier plus vite et de devenir plus contagieux.

Trois variants se démarquent actuellement dans la catégorie "variants préoccupants" en France, avec le variant indien plus récemment (B1.617) - nous y reviendrons : le variant anglais (B1.17), le variant sud-africain (B1.351) et le variant brésilien (P.1). Dans son dernier bilan hebdomadaire (15 avril 2021), Santé Publique France indique que 83 % des tests criblés 5 et le 11 avril correspondent à une suspicion de variant anglais et 3,8 % correspondent à une suspicion de variant brésilien ou sud-africain. Deux variants moins préoccupants sont également surveillés par les autorités sanitaires en France : le variant Henri Mondor (découvert à Créteil), et le variant breton.

Encore mal connues par la communauté scientifique en raison d’un séquençage génomique très insuffisant en France, ces souches variantes du coronavirus pourraient mettre à mal l’immunité développée par les patients ayant déjà été contaminés par la Covid-19 et impacter l’efficacité des vaccins mis sur le marché.

Variant anglais (B1.17) : plus contagieux, serait plus mortel, il peut contaminer les animaux (chiens, chats)

Signalé le 14 décembre 2020 à l’Organisation mondiale de la santé (OMS), le variant B1.17, est apparu en Angleterre au mois de septembre 2020. Selon le dernier bilan de l'OMS (13 avril 2021), il a été identifié dans 132 pays.

Ce variant est associé à une transmissibilité accrue (de 43 à 90 %) et possiblement à une forme plus sévère de la maladie, à un plus haut risque d’hospitalisation et à une mortalité plus élevée", indique Santé publique France dans son dernier bilan hebdomadaire (15 avril). Selon une enquête publiée fin janvier 2021 par l'Office national des statistiques, cette souche aurait en effet tendance à exacerber les symptômes "traditionnels" de la Covid-19 (toux, fatigue, courbatures). En revanche, la perte du goût (agueusie) et de l'odorat (anosmie) semblent moins fréquentes.

Une étude anglaise, menée par des chercheurs de l'Université d'Exeter et publiée en mars 2021 dans le British Medical Journal, affirme également que le variant anglais est entre 30 et 100% plus mortel que la souche historique du SARS-CoV-2. Cette analyse comparative (B1.17 versus Sars CoV2) a permis de constater que les personnes infectées par ce nouveau variant avaient 64 % de risque supplémentaire susceptibles de mourir (une augmentation du nombre de décès de 2,5 à 4,1 sur 1 000 cas détectés).

Variant Brésilien

Après la Grande-Bretagne en décembre, c'est au tour du Brésil et de l’Afrique du Sud d'attirer les yeux du monde entier en raison de l'émergence très préoccupante de variants. La France pourrait bientôt à son tour être au cœur des inquiétudes, estiment des spécialistes.

Au Brésil, l'un des nombreux variants, le "P.1", est responsable de l'effondrement du système sanitaire dans le pays et inquiète de nombreux pays dont la France qui ont décidé de couper leurs liaisons aériennes (très tardivement pour la France) avec le Brésil pour ralentir la propagation de ce variant.

Hors de contrôle. Telle est la réalité de l’épidémie de Covid-19 au Brésil, où le coronavirus fait des ravages. En mars 2021, la maladie a tué plus de 66 000 personnes, près du double du bilan de juillet 2020, le pire mois de l’an dernier. Avec plus de 350 000 décès et treize millions de cas depuis le début de la pandémie, le Brésil est le pays le plus touché derrière les États-Unis, d’après un comptage arrêté par l’Agence France Presse (AFP), lundi 12 avril dans la matinée.

« Avec plus ou moins 100 000 nouveaux cas par jour, le Brésil permet au virus de réaliser un nombre très important de mutations qui peuvent faire apparaître de nombreux variants, alerte Miguel Nicolelis, neuroscientifique et ancien président du comité anti-Covid de la région brésilienne du Nordeste, interviewé par Radio France internationale. Au Brésil, le P.1 représente 65 % des nouvelles contaminations contre 22 % début janvier, d’après le site NextStrain qui surveille la propagation géographique de plusieurs épidémies virales dont le Covid-19. Cette domination rappelle celle du variant britannique en Europe.

Dans son dernier avis consacré au variant brésilien P.1, le Conseil scientifique met en garde contre la progression de ce variant en France cet été.

Le variant brésilien P.1 ne représente que 0,3% des nouvelles contaminations en France selon les dernières données de Santé Publique France. Dans son dernier avis dédié au variant P.1 et transmis au gouvernement le 16 avril, le Conseil scientifique alerte sur "un risque inquiétant d’extension du variant BR-P.1 qui doit être pris en compte durant l’été 2021 en France ".

Une crainte de montée en puissance du variant de Manaus motivée par plusieurs éléments. Tout d'abord, l'effet de la vaccination de la population : si elle n'est que partielle cet été, à savoir une seule dose sur les deux nécessaires, elle pourrait contribuer à faire augmenter le nombre d'infections au variant P.1.

"Les pays qui laissent circuler le virus seront la source de nouveaux variants"

Avec l'un des taux d'incidence les plus élevés d'Europe depuis plusieurs semaines et des mesures qui peinent à faire diminuer les nouvelles contaminations, la France semble un terrain propice à la naissance d'un nouveau variant, ou à une mutation d'un variant déjà existant.

Pour le Conseil scientifique, "la France métropolitaine est probablement en partie protégée actuellement par la présence du variant" britannique face au variant P.1, qui reste très minoritaire en métropole.

Car le variant P.1 serait un peu moins contagieux que le variant britannique, mais plus que la souche d'origine du virus, selon plusieurs études. Ce qui lui permet de remplacer la souche d'origine, mais pas le variant britannique, qui conserve "un avantage". C'est ce principe qui a permis en France au variant britannique de remplacer la souche de base du virus, depuis cet hiver.

Le variant P.1 pourrait grimper si le variant britannique diminue

C'est d'ailleurs l'élément principal pour expliquer la faible présence de ce variant P.1 en Europe et en France, où le variant britannique est largement dominant et résiste donc au variant brésilien P.1. En revanche, le variant P.1 est largement répandu en Amérique latine et en Guyane, où le variant britannique est moins présent.

Mais, note le Conseil scientifique, cette "résistance" au variant brésilien pourrait changer à l'été, "si on observe une baisse du variant britannique et une couverture vaccinale avec les vaccins à ARNm en hausse, mais à un niveau encore insuffisant".

Le variant P.1 plus contagieux :

Une étude brésilienne rapporte une transmissibilité de P.1 2,6 fois plus importante par rapport à la souche de référence. Selon les estimations des épidémiologistes brésiliens, les réinfections par P.1 représentaient 28 % de cas survenus à Manaus entre novembre 2020 et janvier 2021. La presse brésilienne fait néanmoins état d’une augmentation de la mortalité chez des patients plus jeunes qu’auparavant. Dans l’état du Parana, le variant P.1 a été identifié pour la première fois le 16 février 2021. Depuis mars 2021, il a été isolé dans environ 70 % des échantillons biologiques collectés.

Nécessité du séquençage génomique

Qu’il s’agisse du variant brésilien P.1 ou de tout autre variant préoccupant (Variant Of Concern) ou d’intérêt (Variant Of Interest), une chose est sûre : leur émergence au cours de ces derniers mois souligne encore plus l’importance de conduire une surveillance génomique, seul moyen de les identifier précocement.

Force est de constater (contrairement aux assertions gouvernementales) que la France ne brille pas par ses capacités de séquençage génomique des souches circulantes de SARS-CoV-2. Elle est loin derrière le Royaume-Uni, les États-Unis, l’Australie, les Pays-Bas, l’Espagne, l’Inde, la Chine, la Belgique, le Danemark, le Canada, le Portugal et l’Islande, lorsqu’on considère le nombre de séquences déposées dans les bases de données génomiques. En effet, séquencer le variant britannique très largement majoritaire n’a que très peu d’intérêt.

C’est grâce à une véritable surveillance de séquençage qu’un grand foyer épidémique (cluster) a récemment été découvert au Canada en Colombie-Britannique par des virologues de l’hôpital Saint-Paul de Vancouver. Près de 900 infections au variant P.1 ont été détectées dans cette province, dont 200 dans la station de ski de Whistler.

La vaccination devrait faire diminuer le variant britannique

Théoriquement, au moins 30 millions de Français auront reçu au moins une dose de vaccin au début de l'été, et "tous les Français qui le souhaitent" auront pu être vacciné d'ici la fin de l'été selon les objectifs du gouvernement.

Tous les vaccins actuellement injectés étant efficaces contre le variant britannique, la campagne vaccinale massive devrait faire drastiquement baisser la circulation du variant britannique en France, comme on a pu l'observer en Israël.

Aujourd'hui le variant britannique représente plus de 83% des nouvelles contaminations, selon Santé Publique France.

Des vaccins moins efficaces face à certains variants

Sauf que certains vaccins à adénovirus comme AstraZeneca sont moins efficaces contre les variants sud-africains et brésiliens, qui comportent la mutation E484K. C'est notamment pour cela que la vaccination avec AstraZeneca est déconseillée en Moselle, dans les Vosges, dans la Creuse, en Vendée, et à Mayotte, la Réunion et en en Guyane où ces variants circulent plus activement. En revanche, les vaccins à ARNm, comme Moderna et Pfizer, sont moins efficaces in vitro face aux variants brésiliens et surtout face aux variants sud-africains.

Le vaccin AstraZeneca a une part importante en France malgré des restrictions liées à l'âge, avec 3,5 millions de doses d'AstraZeneca injectées en France, sur les 17 millions de doses injectées au total dans le pays.

C'est la crainte du Conseil scientifique : une baisse du variant britannique grâce à la vaccination, mais une couverture vaccinale avec les vaccins à ARNm insuffisante pour faire face à la menace du variant P.1, qui pourrait venir d'autres pays, voire de Guyane.

En effet, plusieurs études in vitro préliminaires suggèrent que les anticorps produits par les vaccins sont moins efficaces sur les variants sud-africain et brésilien.

La crainte des cas du variant P.1 importés de Guyane

Car ce variant de Manaus circule déjà sur le territoire Français de manière importante, en Guyane, qui partage plus de 700 km de frontière terrestre avec le Brésil.

Dans ce territoire, l’incidence augmente fortement depuis 4 semaines avec une présence très majoritaire du variant BR-P.1, un variant anglais minoritaire et une transmission locale avérée. Selon Santé Publique France, les variants brésilien et sud-africain (dont le séquençage pratiqué en France ne sépare pas les deux variants) représentent 77,6% des nouvelles contaminations en Guyane.

Il faut anticiper les commandes des vaccins adaptés aux variants

Pour éviter une importation massive du variant brésilien de la Guyane vers la métropole, le Conseil scientifique recommande notamment un isolement strict pour les voyageurs non-vaccinés à leur arrivée en métropole.

Face à cette potentielle menace et la diffusion du variant P.1 pendant l'été, le Conseil scientifique appelle à anticiper les commandes des vaccins ciblés sur les nouveaux variants, et à accélérer la vaccination avec Pfizer et Moderna en Guyane, où 29.9% des habitants se disent certains de ne pas se faire vacciner. L'Europe est lancée dans une course-poursuite contre les variants »

Le variant brésilien B1 isolé dans trente-six pays :

À ce jour, outre le Brésil et le Japon, le variant P.1 a été isolé dans 34 autres pays (par ordre décroissant du nombre de séquences génétiques rapportées) : Italie, États-Unis, Belgique, Pays-Bas, Allemagne, France, Royaume-Uni, Espagne, Suisse, Portugal, Irlande, Japon, Suède, Turquie, Mexique, Australie, Nouvelle-Zélande, Jordanie, Luxembourg, Norvège, Roumanie, Singapour, Costa Rica, Aruba (Antilles néerlandaises), Iles Féroé, Corée du Sud, Slovénie, Saint-Martin (Caraïbes). En Amérique du Sud, il a été isolé au Chili, au Pérou, en Colombie, au Paraguay, en Équateur, en Guyane française et au Suriname. La semaine du 6 avril 2021, en Guyane, le variant brésilien représentait 76 % des prélèvements criblés et/ou séquencés (le variant anglais était, lui, présent à hauteur de 11 %).

L'Inde et le Brésil, terres propices à l'émergence de variants En Inde, c'est le variant "double mutant" B.1.617 qui inquiète et qui serait à l'origine de la situation sanitaire catastrophique dans plusieurs États. Plusieurs pays dont le Royaume-Uni ont imposé de sévères restrictions aux voyageurs revenant d'Inde, mais la France n'a annoncé celles-ci que le 22 avril, mais effectives plus tard.

La France largement devant ses voisins en nombre de contaminations

"En laissant le virus circuler activement sur un territoire, à des niveaux de plus en plus élevés, on favorise l'évolution virale. Plus ces infections se propagent, plus on sélectionne des mutants de plus en plus transmissibles. En parallèle, la population s'immunise ce qui fait croître la pression de sélection sur ces mutants, et favorise donc l'apparition de variants plus résistants à l'immunité", nous rappelle le biologiste Claude-Alexandre Gustave.

La France est actuellement l'un des pays d'Europe où le virus circule le plus activement, avec 484 cas par million d'habitants sur les sept derniers jours. Soit plus de deux fois plus de cas que l'Allemagne et l'Italie (244 cas), trois fois plus que l'Espagne (182 cas), et plus de 10 fois plus que le Royaume-Uni (39 cas). Seuls la Croatie (531 cas) et la Suède (604 cas par million d'habitants) font pire. Royaume-Uni (39 cas).

Le risque est que la France par cette circulation virale importante fasse émerger un variant français.

Une bonne campagne de vaccination a lieu quand le virus circule peu : il est dangereux de vacciner lentement, avec un très haut niveau de circulation du virus, et sans prendre de mesure pour faire chuter fortement la courbe du virus. Avec cette campagne de vaccination et la stratégie de 'vivre avec le virus', qui maintient un haut niveau de circulation pendant plusieurs semaines, la France fait tout pour faire émerger un variant français" déplore Philippe Froguel, généticien et endocrinologue au CHRU de Lille.

Variant Sud-africain

Émergence du variant B1 351 en octobre 2020 en Afrique du Sud

Quant aux variants détectés en Afrique du Sud ou au Brésil, ils pourraient être capables de réinfecter des personnes ayant déjà contracté une infection par des virus SARS-CoV-2 qui circulaient avant leur émergence. Autrement dit, une large proportion d'individus ayant déjà contracté le virus pourrait ne pas être totalement protégée contre ces variants.

Les variants brésilien et sud-africain sont majoritaires dans quelques territoires, mais le variant britannique s’est installé dans le reste du pays.La France risque-t-elle d'être submergée par le variant brésilien ? Le variant P.1, plus virulent, fait des ravages au Brésil, qui enregistre plus de 3 000 décès par jour, et inquiète dans l'Hexagone. « Ça peut partir très vite, y compris en Europe », alerte le professeur Rémi Salomon, représentant des médecins de l'AP-HP, dans Le Parisien et dans le même ordre d’idée pour le variant sud-africain.

Les variants brésilien et sud-africain, jamais séparés dans le séquençage en France, sont toutefois majoritaires dans trois départements d'outre-mer proches de leurs pays d'origine. En Guyane, 84,9 % des cas sont dus à l'un des deux variants, 83,3 % à Mayotte et 65 % à La Réunion. Dans ces trois départements, ainsi qu'en Moselle (27 % des cas), la Haute Autorité de santé a recommandé le 9 avril de ne pas utiliser le vaccin AstraZeneca, soupçonné d'être moins efficace face au variant sud-africain, et de privilégier les trois autres : Pfizer, Moderna et Jansen

Variant Sud-Africain et Brésilien en Vendée : 11,8%

Variant Sud-Africain et Brésilien en Creuse : 13%

Selon des chercheurs, le variant sud-africain du Covid-19 est davantage à même de « franchir » les défenses du vaccin développé par Pfizer et BioNTech. Tout en restant très efficace contre les autres formes du virus. Cette étude menée par l'université de Tel-Aviv et Clalit, a comparé 400 personnes non vaccinées ayant contracté le Covid-19 à 400 autres personnes partiellement ou totalement vaccinées et l'ayant également contracté. « Le variant sud-africain est capable, dans une certaine mesure, de franchir la protection du vaccin », a indiqué à l'Agence France-Presse Adi Stern, professeure à l'université de Tel-Aviv et coauteur de l'étude.

Deux autres variants très contagieux sont très inquiétants : le variant P.1, dit brésilien, et le variant B1.351, dit sud-africain. Bien que représentant moins de 5% des cas en France, cependant dans le monde, ils peuvent peser pour plus de 75% des contaminations. Le Conseil scientifique vient d’ailleurs de rendre un avis au sujet du P.1, alertant notamment sur son risque d’extension durant l’été, Tout l’enjeu est donc de faire tomber le plus bas possible le nombre de contaminations pour annihiler l’augmentation en fréquence des mutations ». « « Cela passe par une surveillance accrue, via les tests, par le séquençage. En France, de nombreux scientifiques déplorent une stratégie qui soit réellement efficace de séquençages des virus pour surveiller les variants connus et en repérer de nouveaux ». Mylène Ogliastro, Virologue et Directrice de recherche à l’INRAE de Montpellier déclare en outre qu’en France, » on récolte en quelque sorte les fruits de notre stratégie hivernale. Nous avons misé sur une réponse très centralisée et avons toléré des niveaux d’incidence et des mortalités quotidiennes très élevés. À l’inverse, l’Allemagne a préconisé aux Länder d’appliquer des fermetures à des niveaux d’incidences bas de manière à casser très tôt les chaînes de transmission. Ce qui limite considérablement l’émergence de de nouveaux variants ».

L'Inde et le Brésil, terres propices à l'émergence de variants. En Inde, c'est le variant "double mutant" B1.617 qui inquiète et qui serait à l'origine de la situation sanitaire catastrophique dans plusieurs États.

L'Inde (nous le verrons) et le Brésil, deux pays qui ont en commun d'avoir une forte circulation virale, propice à l'émergence de variants. D'un côté, la politique décriée de Jair Bolsonaro, qui continue de nier la gravité de la situation et maintient sa volonté de "vivre avec le virus". De l'autre, l'Inde et ses 1,3 milliard d'habitants qui font face à une importante vague de contaminations et à un nombre de cas sous-évalué selon de nombreux experts.

Variant indien

Selon l'Institut national de virologie (NIV) indien, 61% des échantillons prélevés dans la région de Bombay, entre janvier et mars, comportaient des traces d'un variant détenant à lui seul deux mutations de la Covid-19. Ce "double mutant" n'a toutefois pas encore été identifié en métropole, ce qui est tout à fait improbable (2 cas en Guadeloupe).

L’Inde, deuxième pays le plus touché par le Covid-19 fait face à une seconde vague beaucoup plus forte que la première. Les variants en seraient notamment responsables.

Depuis le début de l'année, le B.1.617, surnommé « double mutant » retient l'attention des scientifiques (détecté pour la première fois le 7 décembre 2020) », Ce variant contient deux mutations spécifiques pour former un nouveau variant du coronavirus. D'un côté, la mutation L452R, détectée dans le variant californien, rend le virus plus transmissible tout en étant davantage résistant aux vaccins. De l'autre, la mutation E484Q, qui serait similaire à la mutation E484K observée dans les variants sud-africain et brésilien et qui pourrait également réduire l'efficacité des vaccins. D'après le ministère de la Santé indien, ces mutations réunies pour la première fois confèrent au variant B.1.617 « un échappement immunitaire et une infectivité accrue ». Autre inquiétude sur la détectabilité de ce recombinant : un grand nombre de cas ne sont plus décelés par les tests PCR et nécessitent des scanners.

Le terme de seconde vague est presque un euphémisme : c'est un véritable tsunami qui s'abat sur l'Inde en ce moment. Les cas de Covid-19 flambent dans presque tous les États du pays et plus de 150.000 nouveaux cas par jour en moyenne ont été recensés cette dernière semaine et plus de 300 000 nouveaux cas en moyenne ont été recensés la semaine du 20 avril. À titre de comparaison, au pic de la première vague, le pays comptabilisait un peu moins de 100.000 nouveaux cas par jour. Avec un total de près de 13,9 millions d'infections au Covid-19, l'Inde compte désormais le deuxième plus grand nombre de cas au monde, devant le Brésil.

De multiples facteurs expliquent cette résurgence du virus en Inde depuis le mois de janvier. Outre un relâchement notable des gestes barrières combiné à la réouverture de tous les magasins et lieux publics, les nouveaux variants seraient les principaux fautifs.

En ce qui concerne le variant B.1.617, le fameux « double mutant », sa propagation à l'international semble déjà actée. Plusieurs cas ont déjà été recensés au Royaume-Uni, à Singapour, en Australie et aux États-Unis. Soulignons l’importance des mesures préventives et coercitives pour empêcher ce variant d’arriver sur le territoire français.

Selon la base de données GISAID, 23% des génomes associés au variant indien B.1.617 ont été isolés au Royaume-Uni. "Avec les liens entre le Royaume-Uni et la France, on peut craindre que ce variant soit déjà en France, augmentant ainsi le risque d'une recombinaison avec d'autres variants. Les pays qui laissent circuler le virus activement seront tôt ou tard la source de nouveaux variants plus transmissibles, possiblement en échappement immunitaires, voire plus virulents.

Nous verrons dans un prochain article demain dimanche 25 avril les mesures gouvernementales qui ont été prises pour limiter l’émergence de nouveaux variants et ce qu’il faudrait absolument faire pour être le plus efficace possible.