Covid 19 : que nous réserve vraiment la foire aux variants pour l’hiver 2022/2023 ?

Atlantico : Quels sont les principaux variants et sous-variants auxquels nous devons nous préparer à faire face pour cet hiver ? A quel point assistons-nous à une multiplication ?

Antoine Flahault : L’ennemi public numéro un est Omicron. En réalité derrière cette lettre grecque se regroupe désormais une nébuleuse de plus de 500 sous-variants et sous-lignages qui ont émergé ces derniers mois un peu partout dans le monde. Un sous-groupe d’entre eux attire aujourd’hui toute notre attention. Certains experts appellent ces sous-lignages d’Omicron dans les réseaux sociaux le “Gang des Pentagones » parce qu’ils partagent plus de cinq mutations identiques sur leur génome, codant pour des sites stratégiques de la protéine Spike (lieu d’accrochage du virus à nos cellules pour les infecter). 

Parmi ces derniers, y-en a-t-il certains qui sont particulièrement à surveiller ?

Dans le “Gang des Pentagones” on retrouve aujourd’hui le sous-variant BQ.1.1, mais aussi XBB, ou encore BA.2.75.2. Je vous cite ici les trois sous-variants les plus préoccupants du moment. Préoccupants, parce qu’ils se montrent en laboratoire, des virus beaucoup plus transmissibles que le sous-variant BA.5 d’Omicron, qui fut lui-même à l’origine de la 7eme vague estivale puis de l’actuelle 8ème vague automnale qui reflue aujourd’hui en Europe. En France, BQ.1.1 qui est issu du sous-variant BA.5 et semble prendre le peloton de tête actuellement. Il devrait être majoritaire sur tout le territoire métropolitain d’ici la fin de la semaine, c’est dire si sa progression est fulgurante. Il se propage tout aussi rapidement en Europe de l’ouest et en Amérique du Nord. XBB est un autre sous-variant très transmissible qui est devenu dominant dans certains pays d’Asie, à Singapour notamment. Il se propage aujourd’hui en Australie très connectée avec Singapour.

Une augmentation des contaminations est-elle inéluctable ?

L’échappement immunitaire est tel avec ces nouveaux variants très contagieux que l’on voit mal comment ils n’entraîneraient pas à leur tour de nouvelles vagues pandémiques, sans laisser un très long répit après les précédentes. Le seul facteur qui pourrait retarder un peu le processus est la fermeture pendant les quinze prochains jours des écoles dans de nombreux pays d’Europe, en raison des vacances de la Toussaint. Comme le coronavirus se propage largement auprès des enfants dans les classes mal ventilées, les vacances pourraient contribuer à freiner provisoirement la propagation de ces nouveaux variants.

Devons-nous craindre des formes graves que pourraient provoquer un essoufflement de la protection vaccinale, un échappement immunitaire ou une autre raison ?

On ne sait pas encore la virulence, c’est-à-dire la sévérité associée à BQ.1.1 ou XBB, mais on n’a pas d’information que ces nouveaux variants seraient plus sévères chez les personnes bien vaccinées. La question peut se poser chez ceux qui auraient reçu leur dernière dose il y a plus de quatre ou six mois, car plusieurs études pointent le risque d’une perte d’immunité vaccinale avec le temps, qui pourrait alors être associée à une recrudescence des formes graves, des hospitalisations et des décès ainsi que des Covid longs. 

En définitive, à quoi s’attendre pour cet hiver ? Comment l’anticiper au mieux ?

Personne n’a de boule de cristal et l’on ne sait pas prédire le niveau de contaminations, d’hospitalisations et de décès beaucoup plus d’une semaine à l’avance dans cette pandémie. Les scénarios sur lesquels nous travaillons sont fondés sur des hypothèses qui peuvent ne pas se trouver vérifiées, soit parce que des phénomènes que nous ignorons encore viennent interférer avec nos modèles, soit parce que les pouvoirs publics décideront des interventions qui viendraient éviter des effets pour lesquels nous sonnons aujourd’hui l’alerte.

Le premier scénario serait celui d’une accalmie prolongée après la vague automnale BA.5. Si ce scénario optimiste semble moins probable aujourd’hui avec l’arrivée de nouveaux variants capables d’échapper à l’immunité naturelle et vaccinale, comme nous l’avons évoqué plus haut, les vacances scolaires de la Toussaint en Europe pourraient néanmoins ralentir la propagation des nouveaux variants et la réalisation du scénario suivant.

Ce deuxième scénario pourrait alors ressembler à celui de l’hiver dernier lorsque le variant Omicron a succédé à Delta, provoquant une neuvième vague, sans réel intervalle libre après la huitième, sans véritable accalmie donc.

Un troisième scénario, serait celui d’une succession ininterrompue de vagues, sans aucune accalmie. Ces véritables “rafales” seraient dues à ces nombreux sous-variants d’Omicron échappant aux vaccins existants, par exemple ceux du groupe actuel des variants “pentagones” ou de nouveaux variants émergeant cet hiver.

Même si les vaccins continuent à bien protéger la population des formes graves, ce que nous espérons, la très grande transmissibilité de ces souches, et la moindre couverture vaccinale récente pourraient provoquer des niveaux encore élevés d’hospitalisations, de décès et de Covid longs. Pour anticiper de tels risques, les pouvoirs publics seraient avisés de mettre à jour leurs dispositions juridiques et réglementaires leur permettant de réinstituer une éventuelle obligation du port du masque en lieux clos et dans les transports publics. On attend par ailleurs que les États européens prennent la mesure de ces vagues à répétition, de cette tension hospitalière quasi-continue et de ces niveaux élevés de mortalité, de Covid longs et d’absentéisme qui en découle, pour enfin mettre en œuvre des plans “ventilation” ambitieux visant l’amélioration de la qualité de l’air intérieur afin de réduire significativement les contaminations dans la communauté.