Combien de temps entre la contamination par Omicron et les premiers symptômes ? La réponse n'est pas une bonne nouvelle

Atlantico : Lors du début de la pandémie de Covid-19, la période d’incubation du virus était généralement de 5 à 6 jours. Avec l’apparition du variant Delta, elle est passée à 4 jours en moyenne. Elle serait désormais d’environ 3 jours avec le variant Omicron. Est-il assez tôt pour considérer que ce constat est fiable ? Qu’est-ce que cela signifie ?

Antoine Flahault : Tout d’abord, il faut prendre ces chiffres avec une certaine précaution, car ce sont des estimations préliminaires, réalisées à partir de petites séries de cas. Il est assez difficile d’estimer la durée d’incubation d’une maladie comme la Covid, qui n’est pas symptomatique chez tout le monde, pour laquelle les tests peuvent être faussement négatifs. Mais, le constat est partagé par la plupart, et déjà par les chercheurs sud-africains comme norvégiens : la durée d’incubation, c’est-à-dire la durée entre l’infection et le début des symptômes semble en effet plus courte avec le variant Omicron, de l’ordre de trois jours, alors qu’elle était avec la souche initiale plutôt de 5 jours.

En quoi peut-on considérer qu’une période d’incubation plus courte est une « mauvaise nouvelle » ? 

En fait, une courte durée d’incubation pourrait changer considérablement la donne, à un point que l’on ne réalise peut-être pas encore. On assisterait alors à une forme de « grippisation » de cette pandémie à coronavirus. Jusqu’à présent, le coronavirus présentait une différence majeure avec la grippe qui était justement d’avoir une durée d’incubation plus longue. L’incubation de la grippe est de l’ordre de 24 à 48 heures. Cette courte durée d’incubation est l’une des explications des flambées épidémiques de grippe que l’on connaît chaque hiver sous nos latitudes et que l’on n’a jamais réussi à bloquer par la vaccination (seuls les confinements associés aux gestes barrières de la saison dernière semblent y être parvenus). Il y a d’autres différences entre la grippe et la Covid, notamment la « surdispersion » du taux de reproduction du coronavirus. La surdispersion c’est à le fait que la plupart des personnes infectées transmet le virus à une personne ou moins, ne contribuant pas à la croissance exponentielle de l’épidémie. Seules 10 à 20% des personnes infectées entraînent donc toute l’épidémie. Lorsque l’on dispose d’au moins cinq jours pour remonter les chaînes de contaminations, on peut espérer que les quarantaines aient un effet. Les autorités de santé ont un peu de temps pour repérer des personnes qui sont encore en stade d’incubation et non contagieuses, de façon à les mettre en quarantaine avant qu’elles ne propagent le virus à d’autres. Avec une durée réduite de la période d’incubation, cette option se referme, au moins en partie. Les contrôles sanitaires aux frontières qui prenaient toute leur place avec les premières souches du coronavirus sont beaucoup moins opérationnelles avec le virus de la grippe (et ne sont d’ailleurs pas recommandés dans les plans de préparation des pandémies de grippe). Si le variant Omicron a une durée d’incubation proche du virus de la grippe, les contrôles aux frontières deviendront de plus en plus illusoires.

La fulgurante progression du variant Omicron à travers le monde est-elle imputable à cette période d’incubation plus courte ? 

La progression inédite du variant Omicron est liée à un certain nombre de facteurs qui ne sont pas encore tous élucidés. Ce variant semble transpercer les digues immunitaires, puisque des personnes dûment vaccinées y compris avec trois doses, peuvent contracter le virus et le transmettre à d’autres, facilitant grandement la dynamique épidémique. Mais la plus courte durée d’incubation couplée à une forte surdispersion peut aussi contribuer à la croissance extrêmement forte de l’épidémie dans la population.

Devrions-nous envisager un certain nombre de changements dans notre manière de lutter contre la pandémie, de manière à mieux la contrôler ?

La question à laquelle on n’a pas encore de réponse est de savoir si l’immunité conférée par l’infection sera davantage bloquante vis-à-vis de la transmission de ce coronavirus que l’immunité vaccinale ne l’aura été au démarrage de cette vague Omicron. Si tel est le cas, alors l’infection d’une proportion importante de la population que l’on voit se dérouler sous nos yeux un peu impuissants pourrait s’accompagner d’un frein progressif et naturel sur la vague pandémique. Mais d’autres freins risquent d’être nécessaires à mettre en place pour reprendre la main sur l’épidémie. Les Sud-Africains bénéficient du frein estival qu’il nous faudra attendre le temps d’un long hiver avant d’en bénéficier en Europe. Les approches tester-tracer-isoler perdraient peu à peu leur efficacité et donc leur sens avec le raccourcissement de la durée d’incubation mais aussi avec l’explosion du nombre de cas. Enfin, les traitements aussi sont impactés par le nouveau variant et dans une certaine mesure par le raccourcissement éventuel de la durée d’incubation. Avec une durée d’incubation plus courte, il devient plus difficile de disposer d’un diagnostic rapide, notamment en période d’explosion du nombre de cas et de saturation des systèmes de testing. Les antiviraux par voie orale mais aussi les rares anticorps monoclonaux qui sont restés efficaces contre le variant Omicron, doivent être administrés dans les premiers jours de l’infection, ce qui peut être rendu difficile par la disponibilité moins rapide du diagnostic.

Ce coronavirus se transmet quasi-exclusivement (dans probablement plus de 99% des cas) en milieu clos et mal ventilés. On ne fera donc peut-être pas l’économie de revoir fondamentalement la qualité de l’air intérieur que nous respirons afin de le rendre plus proche, sur le plan du risque microbiologique, de l’air extérieur.