Variant Omicron : voilà à quoi ressemblerait une stratégie intelligente face au dernier rebondissement Covid

Dans deux articles récents j’ai exposé les données du diagnostic de la pandémie en Europe et les solutions possibles. Le gouvernement a décidé d’un certain nombre de mesures qu’il a exposé avant-hier. Hier un nouveau variant rapidement identifié et classé préoccupant a été mis en évidence en Afrique du Sud. Rien n’est bouleversé par ce variant mais le risque est là en raison d'abord de sa capacité à surclasser le Delta. Ce variant a 50 mutations très inhabituelles, dont 32 dans la protéine Spike, suggérant qu'il pourrait échapper à la protection immunitaire fournie par les vaccins et se propager plus rapidement que le Delta, bien qu'aucune donnée définitive ne soit encore disponible en dehors de cette plus grande transmissibilité.

En pratique, quelles décisions sont appropriées face à cette résurgence du Delta en France? Comment se préparer à un variant plus dangereux?
La pandémie n’a pas changé, c’est une virose respiratoire de transmission interhumaine par les gouttelettes ou les aérosols de l’air expiré. Le virus a muté il est plus contagieux avec un R0 (taux de reproduction de base) pour le Delta de 6,5 environ. 

“La pandémie à Sars-CoV-2 continue à se transmettre sur toute la planète. Ce coronavirus devient de plus en plus contagieux au gré des mutations de sa protéine Spike, véritable clé de pénétration dans les cellules humaines. Il commence à se heurter aujourd’hui à une immunité naturelle ou vaccinale qui protège de la réinfection. Toutefois plusieurs milliards d’humains sont encore susceptibles d’être infectés. Par ailleurs, son réservoir zoonotique est toujours actif. Il est possible que deux ans après le début réel de cette pandémie nous abordions une transition vers une moindre présence du virus chez l’humain en termes de nombre d’infections et de morts. Il est probable cependant que la transmission chez l’humain ne s’éteigne pas avant longtemps, en tous cas pas dans les deux à trois prochaines années. Dans ce contexte, l’impact des traitements est important: le vaccin en prévention, les anticorps monoclonaux et les antiviraux en curatif vont transformer à la fois le pronostic de la Covid-19 et l’approche médicale.”, écrivions nous le 10 novembre denier.

Une résurgence de la Covid-19 chez les non vaccinés ou les non immunisés.

Les Français ont compris que nous avions encore de nombreuses personnes susceptibles d’être infectées, des non vaccinés aux enfants et adolescents, aux nombreux fragiles qui ne sont pas immunisés par trois doses comme les transplantés, les patients atteints de cancer (probablement plus de 30%) et bien sur aux vaccinés en fin d’immunité humorale protectrice (le taux des anticorps dans le sang après 6 mois). Nous sommes loin des 90% de la population vaccinée que clament les sceptiques du vaccin sur les plateaux télé, ce n’est pas la population éligible qui compte c’est la population tout court, les 67 millions de Français. C’est pourquoi notre taux de vaccination est beaucoup plus faible et quoi qu’il en soit inférieur à 80%. Disons le tout de suite, comme anticipé avec un vaccin qui agit sur les formes graves, la transmission est diminuée mais pas du tout dans les mêmes proportions que les formes graves ou les décès. C’est pourquoi les vaccinés peuvent transmettre mais beaucoup moins que les non vaccinés. En revanche ce qui n’était pas possible d'anticiper c’est le Delta, un variant qui est beaucoup plus contagieux. Et encore moins le Omicron, B.1.1.529 apparu en Afrique du Sud.

Le vaccin permet de survivre à plus de malades mais nous pouvons mieux faire

Les preuves de ce découplage entre les infections et les formes graves ou les décès sont nombreuses et convergentes. Ceux qui les écartent pour reformuler leur leitmotiv anti-vaccin se naufragent. Avec trois figures nous allons au contraire mieux saisir la nature de cette résurgence. Tout d’abord en Europe, quelles que soient les mesures contre la transmission, la vaccination a effondré la mortalité (Figure N°1). 

Figure N°1: La vaccination a effondré la mortalité. C’est massif et concordant dans le temps et l’espace.

Bien sûr cette immunité vaccinale sauve plus de vies au Royaume Uni ou en France qu’en Norvège puisque la Norvège a une puissante organisation sanitaire et une discipline collective qui limitent la transmission depuis le début de la pandémie.  Ensuite si on compare des pays assez vaccinés (Allemagne, France, Royaume Uni)  avec un pays où la vaccination était cet été d’environ 30% de la population (Roumanie) on constate que la mortalité est très élevée avec une prévalence aussi faible de la vaccination (Figure N°2). 

Figure N°2: Exemple d’un pays peu vacciné (environ 30% de la population) dans le Blitzkrieg du Delta: la Roumanie dans la tourmente d’une résurgence assortie d’une forte mortalité. 

Enfin, (Figure N°3) nous constatons que la diminution de la mortalité est déterminée par la prévalence de la vaccination avec un double effet seuil. Tout ceci est conforme à ce que nous savions sur la vaccination en général et cette pandémie en particulier. Ainsi le vaccin protège des formes graves et du décès quand l’immunité vaccinale est pérenne (efficacité après la deuxième dose de 90-95% et durée de 6-8 mois). C’est grâce à l’immunité acquise, les anticorps neutralisants et l’immunité cellulaire mais aussi une reprogrammation fonctionnelle complexe des réponses immunitaires innées. Tous vaccinés, mieux protégés des formes graves tel est le slogan vérité. Le masque, l’éloignement interpersonnel, le TTIQ (Test, TRace, Isolate, Quarantine), la quarantaine aux frontières protègent contre les infections en diminuant la transmission inter-humaine.

Figure N°3: Pour ceux qui souhaitent plus de pays dans la comparaison, on peut aussi constater une corrélation entre prévalence de la vaccination et chute de l’IFR (https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.11.10.21266166v1.full ). Pour comprendre l’IFR (Infection Fatality Rate), nous devons comprendre la différence entre le taux de létalité (CFR Case Fatality Rate) et le taux de létalité par infection (IFR). Le CFR est le rapport du nombre de décès divisé par le nombre de cas de maladie confirmés (de préférence par test PCR). L'IFR est le rapport des décès divisé par le nombre d'infections réelles par le SRAS-CoV-2. Étant donné que les tests PCR ont été initialement limités et actuellement beaucoup plus disponibles et parce qu'un grand nombre d'infections par le SRAS-CoV-2 entraînent une maladie bénigne ou même asymptomatique, l'IFR est probablement nettement inférieur au CFR. Contrairement au taux de létalité (CFR), l'IFR n'est pas seulement basé sur le nombre de cas confirmés et ne doit donc pas être biaisé par des dérives potentielles des politiques de dépistage. Cependant, comme le nombre total d'infections par le SARSCoV-2 est généralement inconnu, l'IFR ne peut être estimé que sur la base des données de surveillance et de séroprévalence disponibles (https://bmcpublichealth.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/s12889-021-11127-7.pdf) .

Les 5 piliers de défense contre la Covid-19

Mesures non pharmacologiques: diminution de la transmission inter-humaine (Masques, Éloignement interpersonnel, TTIQ, quarantaine aux frontières)

Vaccin à ARNm ou autres vaccins: développement d’une immunité acquise et reprogrammation de l’immunité innée (https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.05.03.21256520v1.full-text) 

Anticorps monoclonaux: transfert d’une immunité humorale (anticorps) qui bloque l’invasion virale

Antiviraux (Molnupiravir, Paxlovid): blocage de la réplication du virus et arrêt de l’infection

Réanimation des formes graves: support ou remplacement des fonctions d'organe, poumon, rein, coeur, dans l’infection systémique grave

Depuis le 15 octobre la situation de la transmission en France n’est plus sous contrôle

Le R effectif est le signal annonciateur d’une transmission qui s’accélère même si le nombre de cas à l’échelle du pays est encore faible. Le nombre de cas en valeur absolue est un marqueur tardif d’une transmission importante à l’échelle du pays (Figures N°4 &5). Il est surprenant que ce signal très fiable ne soit jamais annoncé comme une alarme et que le gouvernement attende le nombre absolu de cas, ou bien le nombre de cas par million, des signaux beaucoup plus tardifs, pour agir. Il suffit de regarder les deux figures. L’opposition irrationnelle aux mesures non pharmacologiques ou le laxisme généralisé sont ils des explications? Le gouvernement devrait agir le plus en amont possible sur la transmission et le facteur temps est important. L’opposition aux mesures non pharmacologiques n’est pas que le fait des anti-tout. Le gouvernement par sa communication souvent trop péremptoire ou au delà des données scientifiques a nourri cette opposition. Répétons le, affirmer que cette fois on va revivre comme avant, est d’une extrême gravité. D’une part c’est très probablement faux (il y a plus de chances que d’autres résurgences surviennent) et d’autre part c’est démobilisateur pour les mesures non pharmacologiques car la population abandonne toutes les précautions. Autre exemple, les communicants ne peuvent pas répéter dans des spots publicitaires tous vaccinés tous protégés. C’est doublement faux car le vaccin immunise à 90-95 % et protège des formes graves et du décès pas de la transmission. C’est au ministère de dicter les règles de communication. Tous vaccinés, mieux protégés des formes graves et du décès, combien de fois faudra-t-il le répéter? Si une compagnie pharmaceutique ayant une autorisation pour un vaccin avait fait un spot de cette nature avec une optimisation aussi grossière elle aurait été poursuivie. 

Figure N°4: le 15 octobre nous savions que la France entrait dans une phase de croissance de l’épidémie et allait franchir le seuil de 1.

Figure N°5: Or le 15 octobre le nombre de nouveaux cas par million était très bas. Les mesures non pharmacologiques étaient au plus bas pendant tout l’été. Un cas d’école de l’erreur du Stop and Go.

L’incroyable amnésie des Maires et de l’exécutif

Dans ce contexte les élus ont encore une fois fait preuve d’une incroyable amnésie et d’une imprudence inexplicable. Oubliés les morts des élections maintenues de 2020; élections qui n’auraient jamais dû se dérouler selon les modalités adoptées et à l’origine d’un foyer de contamination géant. On recommence. Congrès des Maires, c’est à dire un vaste rassemblement de transmission républicaine sans masque, avec force paroles à haute voix et à faible distance et le tout accompagné de généreuses poignées de main. Le compte rendu des lendemains qui déchantent, les propos des uns et des autres démontrent que ni l’exécutif ni les élus ne comprennent l’importance de maitriser la transmission (https://actu.fr/occitanie/toulouse_31555/toulouse-le-maire-jean-luc-moudenc-a-probablement-contracte-le-covid-19-au-congres-des-maires-a-paris_46703259.html). Nous sommes pourtant à deux ans du début de l’épidémie.

Agir très fort sur la transmission: une exigence plus que jamais d’actualité

Les possibilités et les modalités d’action sont connues et rien ne se passait jusqu’à hier. 

Ni aux frontières du pays ni à l'intérieur, malgré l’accélération de l’épidémie en Europe de l’est le dogme de ne pas toucher aux frontières, la doctrine du tout vaccinal tenaient bon contre la réalité. Et puis l’Afrique du Sud a ébranlé le monde. Des séquençages précoces et nombreux ont permis il y a quelques jours de dépister, là bas, un variant qui se propage très vite et prend l’avantage sur le Delta. Le B.1.1.529 comporte de nombreuses mutations qui n’intéressent pas uniquement la protéine Spike. Dans ce branle bas, heureusement les liaisons aériennes sont interrompues avec 7 pays d’Afrique. Mais l’isolement des cas positifs (Delta ou autre) est proche de 0%, le tracing n’est pas renseigné et son reporting indisponible. Les ARS n’effectuent pas de manière significative la mission si essentielle de maîtrise de la transmission. Dans ces conditions seules des initiatives locales ou régionales tentent d’aider les Français positifs à s’isoler et à faire de même avec les contacts. C’est très insuffisant. 

L’air des endroits clos.

Dans ce contexte la filtration de l’air des immeubles, locaux commerciaux ou d’entreprise et l’aération sont à peu près au même point qu’en début 2020. Il ne sert à rien de fantasmer sur un confinement et de s’y opposer par principe c’est à dire même au prix d’un déni de réalité. Il faut simplement agir en amont, au niveau de la transmission. Pour cela cet état si prodigue en réglementations de toutes sortes et en particulier environnementales n’a pas établi un plus petit dénominateur commun du traitement de l’air! Un corpus simple (en une page) de recommandations dont certaines obligatoires en temps de pandémie respiratoire. C’est aussi très insuffisant.

Mettre à disposition les antiviraux (molnufipavir et paxlovid) en ambulatoire dans un cadre précis d’indications

Cette mesure est essentielle et peut transformer la stratégie médicale: traiter en ambulatoire non pas avec de la poudre de perlimpinpin additionnée de vitamine D et de zinc mais avec des antiviraux efficaces. Et ainsi tarir le flux de malades à hospitaliser. Des vies sont en jeu, il faut autoriser ces médicaments sans délai. C’est une urgence réglementaire c'est-à -dire que l’avis de l’EMA suffit amplement. Tester, traiter. Laisser les médecins agir car aujourd’hui ils peuvent le faire avec un espoir réel d’éviter l’hospitalisation ou la mort.

Aller vers les éloignés de la vaccination première dose: les équipes sanitaires mobiles

Dans ce domaine c’est un échec total. Les fameuses “brigades” d’E. Philippe sont toujours à l’état de lois et décrets non appliqués. La politique n’est pas un théâtre des intentions, fussent elles bonnes et proclamées avec des mots ronflants,  c’est le champ des résultats. Cette situation est incompréhensible pour la population alors même que les politiciens répètent qu’il y a 5-6 millions de non vaccinés et “qu’il faut aller les chercher”. Ces déclarations itératives ressemblent à des "y' a qu’à” et lors des conférences de presse personne ne pose la question qui fâche! Une situation d’impuissance d’un État qui dépense 61,7% et prélève 52,6% du PIB! Un pays, la France qui dépense 11,1 % du PIB (OCDE 8,8%) en soins. En réalité nous avons les moyens, beaucoup de moyens mais l’appareil bureaucratique en couches successives et solidaires est immobile depuis le premier cas de la pandémie. On peut comprendre combien il est urgent de mettre en route des mécanismes de marché pour améliorer l’efficacité de cette dépense.

Le variant Omicron est un nouveau défi

Quelles que soient ses caractéristiques l’émergence de ce variant ne modifie pas les indications d’immunisation en cours. En revanche, il doit conduire à agir très fort, tout de suite et par tout moyen sur la transmission (https://www.bmj.com/content/375/bmj.n2729) . Cette stratégie que j’ai défendue depuis le début de la pandémie (https://www.contrepoints.org/2020/02/04/363594-coronavirus-les-couts-economique-et-humain-sont-bien-reels) est basée sur trois corpus de preuves. D’une part le raisonnement bayésien. Quelle est la probabilité que les mesures non pharmacologiques “marchent” (D) en fonction des probabilités antérieures de succès de ces mesures dans les pandémies (H)? La règle fondamentale de Bayes est formulée par cette équation:  p(H|D) = p(D|H) p(H) / p(D). Ces mesures ont une forte plausibilité d’efficacité. Ensuite il y a le corpus mécanistique, c'est-à-dire des expériences qui démontrent dans des modèles ou chez l’animal que le masque réduit non seulement l’entrée de particules virales dans le nez et l’arbre respiratoire mais aussi les infections. Enfin il y a le corpus des preuves cliniques humaines, les plus difficiles à obtenir car à la différence des médicaments des essais randomisés en double aveugle sont difficiles à conduire chez l’homme. Toutefois grâce à des protocoles sophistiqués, à des  méta-analyses, des preuves convergentes existent de l’efficacité des masques, de l’éloignement, du traçage et de l’isolement (https://www.bmj.com/content/375/bmj-2021-068302) . Il est très préjudiciable à la santé des populations de ne pas réduire autant que faire se peut la transmission. En particulier devant des variants. Nous voilà retournés dans le passé. Janvier 2020, des Airbus arrivent à Roissy en provenance de WuHan. Hier c’était d’Afrique du Sud. Nous saurons dans les prochains jours si ce variant est un danger significativement plus grand et si nous avons agi très vite,  très fort et par tout moyen sur la transmission.

Les raisonnements de logique plateau télé en lieu et place de la rationalité scientifique

“Je préfère un soignant avec un test PCR négatif à un soignant vacciné qui transmet”
Faux et stupide. Le test PCR est fiable à 99% quand il est positif. Quand il est négatif ce n’est plus que de 56-83%. Ensuite le soignant peut s’être contaminé à la cafétéria après son test. 

L’objectif raisonnable est un soignant vacciné qui porte son masque FFP2 et un patient vacciné masqué.

“Le pass sanitaire est une fausse réassurance”
Ce qui est problématique avec le certificat sanitaire c’est la fraude. Ensuite c’est le non contrôle. Enfin le port du masque à l’intérieur n’aurait jamais dû être suspendu ou non vérifié dans les lieux avec certificat sanitaire.

“On nous a menti, le vaccin n’empêche pas de transmettre”

Faux les vaccins ont été évalués selon leur efficacité à diminuer les formes graves et les décès. Ces règles ont été publiées par la FDA avant les essais humains.
“Voilà le retour des enfermistes avec le masque”
Les enfermistes sont ceux qui n’ayant rien décidé ni rien fait voire refusé de protéger les autres et eux mêmes, ont conduit le pays dos au mur à un confinement indifférencié généralisé qui nous a coûté des dizaines de milliards.

Finalement peu de choses ont changé depuis deux ans dans l’administration de la santé publique de ce pays (https://www.contrepoints.org/2020/07/06/375444-la-pandemie-revele-faiblesses-secu) . En revanche, ce qui a changé, ce sont les moyens prodigieux que la recherche, le développement et la production mondialisées ont apportés aux Français. Ce qui a changé c’est aussi le consensus des gouvernements et des opinions publiques devant l’évidence des preuves scientifiques. Dans ce contexte, l'emphase du président de la république le 9 novembre 2021: “nous avons réussi l’impensable” est exagéré car il nous reste à refonder une organisation sanitaire,  à rendre efficace une bureaucratie tentaculaire, à libérer la recherche. Et à franchir l’étape du Omicron.