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©Christophe SIMON / AFP

Faux-semblants

Covid-19 : sommes-nous en train de nous précipiter vers une 3ème résurgence massive sans nous en rendre compte ?

L’incidence décroît, mais contrairement à l'année dernière les variants changent la donne.

Claude-Alexandre Gustave

Claude-Alexandre Gustave

Claude-Alexandre Gustave est Biologiste médical, ancien Assistant Hospitalo-Universitaire en microbiologie et ancien Assistant Spécialiste en immunologie. 

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Atlantico.fr : Les chiffres actuels semblent afficher un plateau relativement décroissant, mais les variants continuent de progresser en Moselle ou à Dunkerque faisant exploser le nombre de cas. Les données sont elles trompe-l'oeil ? Cela doit-il faire craindre un regain fort de l’épidémie, une troisième vague, alors que l'exécutif se veut optimiste sur sa capacité à l’éviter ? 

Claude-Alexandre Gustave  : Si l’on se limite au bilan national, le taux d’incidence le plus récent dont on dispose (11 février) est de 193,1 cas dépistés / 7 jours / 100 000 habitants. Cet indicateur s’inscrit sur une tendance de stabilité (« plateau »), avec un taux de positivité des tests à 6% (là aussi en « plateau »).

Ces données sont en trompe-l’œil. La surveillance génomique permet d’identifier les variants associés aux cas dépistés et elle révèle un phénomène qu’on ne peut pas percevoir par le simple suivi des données d’incidence. Tout se passe comme si nous étions face à deux épidémies distinctes. L’une concerne les lignées virales qui circulent depuis 2020, en régression. L’autre, liée aux nouveaux variants (britannique B.1.1.7, sud-africain B.1.351, brésiliens B.1.1.28/P.1) qui progressent inexorablement. Ces données ont été d’une part obtenues par les « enquêtes flash » nationales, ainsi que par les résultats de criblage des RT-PCR fournies par des laboratoires privés.

Deux « enquêtes flash » ont été réalisées au niveau national, sous la coordination du CNR des virus d’infections respiratoires (Lyon) et Santé Publique France, de façon à obtenir une « photo » nationale de la circulation des trois variants d’intérêt. Ces enquêtes s’appuient sur une cohorte de laboratoires hospitaliers et de ville, avec un échantillonnage portant sur toutes les RT-PCR positives d’un jour donné. Tous les échantillons associés à une RT-PCR positive sont alors réanalysés afin d’identifier le variant associé. La 1ère « enquête flash » a été réalisée les 7 et 8 janvier 2021(https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/maladies-et-infections-respiratoires/infection-a-coronavirus/documents/bulletin-national/covid-19-point-epidemiologique-du-28-janvier-2021). La 2nde date du 27 janvier 2021 (https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/maladies-et-infections-respiratoires/infection-a-coronavirus/documents/bulletin-national/covid-19-point-epidemiologique-du-11-fevrier-2021). Leurs résultats ont été publiés dans les bulletins épidémiologiques hebdomadaires de Santé Publique France :

Ces résultats montrent qu’entre le 7 et le 27 janvier, donc en seulement 3 semaines, la part représentée par le variant britannique B.1.1.7 parmi les souches en circulation est passé de 3,3% à 13,2% ! La proportion de ce variant a donc doublé chaque semaine. Autrement dit, la progression de ce variant suit une croissance exponentielle ! Pour l’instant, elle n’est pas encore perceptible à l’échelon national car elle part de très peu de cas initiaux (premières introductions de ce variant depuis l’étranger). C’est exactement comme ce que nous avons pu observer lors de l’été dernier, alors que les « rassuristes » couraient les plateaux TV pour nier la possibilité d’une deuxième vague, alors que les données épidémiologiques montraient une croissance exponentielle qui n’a pas été prise au sérieux avant l’automne et son explosion.

Aujourd’hui encore, les mêmes « rassuristes » viennent prétendre que « ce variant n’est pas plus transmissible que les autres », et que « sa progression n’est qu’une illusion », que « tout va bien »… Certains vont même jusqu’à avancer que les autorités britanniques ont utilisé le prétexte d’un variant « soi-disant plus transmissible » pour masquer leurs propres défaillances face à la vague meurtrière qui a touché le Royaume-Uni en ce début d’année. Qui n’a pas entendu l’argument évoquant une diffusion du variant britannique B.1.1.7 en Angleterre, uniquement liée à l’absence de mesures sanitaires (bars, pubs, restaurants… ouverts ; pas de masque systématique…) ? Si cette absence de mesures sanitaires était bien réelle, elle s’est cependant appliquée à TOUS les variants en circulation en Angleterre ! Si le variant B.1.1.7 n’était pas bien plus transmissible que les autres, le nombre de cas dont il est responsable aurait augmenté mais sa proportion parmi l’ensemble de tous les cas n’aurait pas changé. Et pourtant, ce variant B.1.1.7 a littéralement « écrasé » tous les autres variants pour représenter la quasi-totalité des souches virales en circulation en Angleterre.

Ce phénomène en trompe-l’œil d’une relative stabilité ou décroissance apparente, masquant la progression des nouveaux variants plus transmissibles, a déjà été décrit à plusieurs reprises :

Les données obtenues par BioGroup (réseau de laboratoires de ville) sont venues compléter cette surveillance territoriale (https://biogroup.fr/actualites/donnees-epidemiologiques-variants-covid19/). Leur comparaison aux « enquêtes flash » d’une part, et aux données d’incidence virale d’autre part (obtenues sur Géodes https://geodes.santepubliquefrance.fr/#bbox=-1289073,6775601,3042557,1847697&c=indicator&view=map2) permet d’illustrer l’évolution à craindre à court terme dans les semaines venir : un emballement épidémique rapide dans les zones où ces nouveaux variants deviennent prépondérants.

Les zones où l’incidence virale est au plus haut se superposent bien aux zones où les variants B.1.1.7 (britannique) et/ou B.1.351 (sud-africain) sont les plus prévalents. Les exemples actuellement les plus marquants sont :

  • Dunkerque (avec une incidence locale >500 cas / 7 jours / 100 000 habitants), avec un variant B.1.1.7 qui a progressé de 846% en 3 semaines durant le mois de janvier (il représentait 24,6% des souches dans les Hauts de France au 27 janvier) ;

  • La Moselle (avec une incidence locale >400 cas / 7 jours / 100 000 habitants dans la région de Metz), avec un variant B.1.351 pouvant atteindre plus de 22% des souches en circulation

  • La région PACA où l’incidence varie entre 250 et 500 cas / 7 jours / 100 000 habitants selon les départements, avec un variant B.1.351 représentant souvent >30%, voire >40% des souches en circulation localement ;

  • Mayotte, où l’incidence a flambé au-delà de 800 cas / 7 jours / 100 000 habitants avec un variant B.1.351 représentant plus de 77% des souches en circulation

 

La plus grande vigilance est donc de mise. Malheureusement, les autorités ont fait le choix de ne pas mettre un coup d’arrêt à la circulation de ces variants alors qu’ils étaient encore peu prévalents. Le choix a été de ne pas tenir compte des alertes de la communauté scientifique. Après s’être félicités d’avoir « tordu le bras aux médecins et aux scientifiques », nos dirigeants ont cependant peut-être fini par prendre conscience du danger puisque les hôpitaux ont reçu l’ordre d’activer leur organisation de crise au plus tard jeudi 18 février.

Atlantico.fr : S’il ne veut pas reconfiner, le gouvernement semble commencer à prendre des bonnes directives, notamment en matière de tests, mais celles-ci sont-elles suivies d’effets, sont-elles même applicables ? Sont-elles, par ailleurs, suffisantes pour maintenir une stratégie de lutte contre le virus sans reconfinement ?  

La conclusion est simple : les mesures actuellement appliquées en France n’auront aucune efficacité pour stopper ou même freiner « l’invasion » par les nouveaux variants. Bien que les outils soient plus accessibles qu’en février/mars 2020, la stratégie reste globalement la même que lors de la 1ère vague, avec un remake de février 2020 = course vaine après les clusters, réponse graduée en fonction de la dégradation des indicateurs (et donc systématiquement tardive et sous-dimensionnée). Il ne manque plus que le discours « stade 1, stade 2, stade 3, stade 3,5… » ! On sait donc comment cela finit : le virus envahit le territoire. Les nouveaux variants vont donc envahir le territoire. La bataille est d’ailleurs déjà largement perdue contre le variant britannique B.1.1.7 qui est d’ailleurs relégué au même niveau de priorité que les « anciens » variants dans les nouveaux protocoles sanitaires (protocoles scolaires, niveau de contact tracing…).

On évoque le recours désormais large et rapide aux tests de dépistage. On déploie les tests antigéniques rapides, on annonce le recours prochain aux tests salivaires dans les établissements scolaires. Tout ceci va dans le bon sens mais cela reste très insuffisant pour luter efficacement contre ces variants encore plus transmissibles que ceux qui ont circulé en 2020 et qui ont déjà mis en échec la stratégie d’atténuation suivie en Europe. Les tests de dépistage sont certes indispensables au repérage des infectés, mais ils ne suffisent pas pour stopper efficacement la circulation virale. Tout d’abord, la perception des contaminations via ces tests de dépistages est entachée d’un décalage incompressible de 6 à 20 jours par rapport à la survenue réelle de la transmission :

  • Délai entre contamination et symptômes = 2 à 14 jours (moyenne = 5 à 7 jours) ;

  • Délai entre apparition des symptômes et test de dépistage = 2 à 3 jours (cf. BEH de Santé Publique France) ;

  • Délai entre test de dépistage et obtention du résultat = 1 à 2 jours (cf. BEH de Santé Publique France) ;

  • Délai d’intégration des résultats dans les données officielles = 1 jour

Ainsi, entre la date réelle de contamination et sa perception par les autorités chargées de décider de la réponse sanitaire, il s’écoule un délai incompressible de 6 à 20 jours pendant lequel le virus poursuit sa course

Le recours de plus en plus massif aux tests antigéniques semble également s’associer à une sous-détection significative des contaminations. En effet, la comparaison des données nationales (regroupant RT-PCR et tests antigéniques) et des données issues des « enquêtes flash » (incluant uniquement les RT-PCR) montre des discordances suggérant que les tests antigéniques conduisent à une sous-estimation de l’incidence des contaminations. La 2ème « enquête flash » datait du 27 janvier (https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/maladies-et-infections-respiratoires/infection-a-coronavirus/documents/bulletin-national/covid-19-point-epidemiologique-du-11-fevrier-2021). A cette date, le taux de positivité des tests à l’échelon national était de 6,7% (RT-PCR et tests antigéniques). Le taux de positivité observé lors de l’enquête flash était de 8,5% (RT-PCR seules) ! Deux hypothèses pourraient expliquer cette discordance :

  • L’échantillonnage correspondant à l’enquête flash n’est pas représentatif de la situation nationale : peu probable puisqu’il inclut des laboratoires de toutes les régions, du public, du privé, hospitaliers, de ville, avec tous leurs échantillons positifs sans filtre ni tri préalable ;

  • Les tests antigéniques abaissent le taux de positivité national car ils ratent un nombre important d’infectés.

Cette deuxième hypothèse est de loin la plus probable puisque les évaluations des tests antigéniques montraient qu’ils pouvaient rater jusqu’à 1 infecté sur 3 par rapport aux RT-PCR (méthode de référence). On peut grossièrement estimer cette sous-détection à partir des données officielles (https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/maladies-et-infections-respiratoires/infection-a-coronavirus/documents/bulletin-national/covid-19-point-epidemiologique-du-4-fevrier-2021). Durant la semaine du 27 janvier 2021, 2 153 127 personnes ont été testées à l’aide de RT-PCR et tests antigéniques. Ceci a conduit à un taux de positivité de 6,7% et 143 325 cas dépistés. Si les tests avaient uniquement reposé sur des RT-PCR, avec un taux de positivité de 8,5% (tel que mesuré lors de l’enquête flash), on aurait dû détecter 181 831 cas, soit 27% de plus !

Les autorités recourent également à l’analyse des eaux usées. Là encore, cela va dans le bon sens mais cette méthode n’a aucun intérêt lorsque le virus circule déjà activement dans la communauté ! La surveillance des eaux usées permet de détecter la circulation du virus et d’identifier des variants, jusqu’à 10 jours avant que les premiers cas ne soient détectés dans la population. Cet outil n’a donc d’intérêt que dans le cadre d’une stratégie de suppression virale, quand la circulation virale a été « écrasée » (comme en Asie ou Océanie). Dans cette circonstance, c’est un outil permettant une détection bien plus précoce du virus, ce qui permet un confinement ciblé très précoce, avant même la détection des premiers cas, pour dépister massivement, isoler les infectés et écraser tout nouveau départ épidémique en quelques jours. Quand le virus circule déjà massivement dans la population, comme c’est le cas actuellement en France, la surveillance des eaux usées ne présente guère d’intérêt si ce n’est de voir arriver le mur quelques jours plus tôt.

Les autorités ont également évoqué un contact tracing renforcé pour lutter contre la diffusion des variants sud-africain B.1.351 et brésilien B.1.1.28/P.1. Le problème est que tout renforcé soit-il, ce contact tracing reste manuel et déclaratif ! Il est donc limité par les ressources humaines largement insuffisantes pour un contact tracing efficace avec plus de 20 000 contaminations quotidiennes (ne représentant que 30% des contaminations réelles…). Il est également limité aux seules identités connus du cas index, et soumis à sa bonne volonté de coopérer et déclarer ses contacts. C’est donc une méthode de tracing intrinsèquement inefficiente, qui nous conduit à ne repérer pas plus de 2 contacts par infecté en moyenne ; avec seulement 1 cas sur 4 voire sur 5 qui était antérieurement connu comme contact d’un autre infecté. Pour rappel, alors que l’épidémie est bien moins active en Corée du Sud qu’ici, les autorités sanitaires y détectent en moyenne 10 cas contacts par infecté (https://www.cebm.net/study/contact-tracing-during-covid-19-outbreak-south-korea/). Les principes de contact tracing français continuent également de considérer que les enfants ne sont pas transmetteurs du virus, au mépris de toutes les données scientifiques internationales, et au mépris de la circulation virale pédiatrique encore renforcée par les nouveaux variants !

La seule mesure permettant de rompre activement les chaînes de contaminations, l’isolement des infectés et cas contacts, n’a toujours pas de caractère obligatoire, ni aidé. Toujours pas d’assignation à domicile ou d’isolement en hôtel, toujours pas d’aide logistique organisée pour fournir aux isolés, vivres, masques, médicaments, tout en leur assurant un suivi médical régulier. L’isolement reste simplement « recommandé », au bon vouloir de l’infecté ou du cas contact, pour une durée de 7 jours (ou 10 jours en cas de variant sud-africain ou brésilien). C’est encore une fois notoirement insuffisant, puisque même face aux anciens variants moins transmissibles, cet isolement devait être au minimum de 10 voire 14 jours (voire 21 jours pour les immunodéprimés).

La protection du territoire n’est toujours pas assurée par un contrôle strict des frontières. L’Europe s’y oppose, pourtant l’Allemagne a pris ses responsabilités en décidant de fermer ses frontières avec la Tchéquie et le Tyrol autrichien où les variants britannique et sud-africain sont très prévalents (https://www.lemonde.fr/planete/article/2021/02/14/l-allemagne-ferme-une-partie-de-ses-frontieres-malgre-les-critiques-de-l-ue_6069915_3244.html). Hors de l’UE, le Royaume-Uni vient également d’annoncer la fermeture de ses frontières pour protéger son territoire de l’importation de nouveaux variants. 33 pays ont été bannis de l’accès à son territoire ; les ressortissants britanniques ne peuvent revenir sur le territoire qu’après avoir observé une quarantaine d’au moins 10 jours, en hôtel payé à leurs propres frais.

Enfin, toujours pas d’arbitrage en faveur d’une stratégie de suppression virale. Pourtant, seule issue pour assurer à la fois une protection des citoyens, de l’économie, une relance économique sans risque, un embellissement psychologique avec des perspectives claires, et seule solution également pour limiter la circulation virale au strict minimum et ainsi freiner l’émergence locale de nouveaux variants. Ce danger n’est pas anecdotique, d’autant plus que nous vaccinons en parallèle d’une épidémie très active, et désormais avec le vaccin d’AstraZeneca qui fournit une immunité plus faible que les vaccins à ARNm, avec 2 doses espacées de 3 mois. Le pays qui l’utilise massivement depuis décembre 2020, le Royaume-Uni, a déjà vu émerger un nouveau variant en échappement immunitaire suite à l’acquisition de la mutation E484K au sein de la lignée B.1.1.7 à au moins deux reprises (dans le Kent et au Pays de Galles).

(https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/959426/Variant_of_Concern_VOC_202012_01_Technical_Briefing_5.pdf)

Atlantico.fr : En Moselle, l’idée d’un confinement localisé ou d’une fermeture des écoles a été écartée, le gouvernement préférant prendre en compte l’impact économique et psychologique sur la population. Concrètement, avons-nous les moyens d’une telle politique sur le long terme ?  

La décision de ne pas reconfiner la Moselle peut s’entendre vis-à-vis de l’acceptation supposée par la population, et de l’intérêt économique de court terme. Cependant, l’absence de réponse précoce, forte et localisée, nous fait encore manquer une occasion de lutter efficacement contre la diffusion des nouveaux variants, et nous place dans des conditions favorables à une accélération de leur circulation sur tout le territoire. En d’autre termes, on arrache encore une victoire à la Pyrrhus. Cette fin de semaine annonce le début des vacances scolaires d’hiver pour la Moselle. Les autorités ont ainsi renoncé à la fermeture anticipée des écoles, croyant ainsi profiter de l’arrivée prochaine de ces vacances. Cependant, elles ne seront pas associées à une interdiction des déplacements interrégionaux. Ces vacances pourront donc constituer le point de départ d’un essaimage du variant sud-africain B.1.351 depuis la Moselle vers tout le reste du territoire au gré des déplacements de vacanciers. Aucune stigmatisation de la Moselle, le phénomène pouvant se produire à partir de tous les autres départements à forte prévalence des nouveaux variants.

Le choix a donc été fait de laisser la situation se dégrader. On sait pourtant comment cela se termine, on le vit depuis près d’un an. On réagit pour minimiser l’impact économique et psychologique de court terme, mais en évitant une réponse précoce et forte, on perd une chance d’instaurer un contrôle efficace et durable de l’épidémie. On sacrifie donc l’intérêt sanitaire, mais aussi l’intérêt économique de moyen et long terme, tout en maintenant la population dans un « tunnel » psychologique sans perspective d’embellie. Devant la reproduction perpétuelle des mêmes erreurs depuis près d’un an, il est légitime de s’interroger sur les choix stratégiques qui sont faits en France ! N’a-t-on vraiment rien appris des échecs de 2020 ? L’urgence et l’enjeu de préserver l’efficacité des vaccins aurait pourtant dû inciter au déploiement le plus précoce et le plus rigoureux d’une véritable stratégie de suppression virale afin de protéger la santé des citoyens, l’efficacité vaccinale (mise en péril par ces nouveaux variants), et instaurer les conditions d’une reprise économique complète et sûre. Quel était alors l’objectif du « pari » présidentiel de ne pas reconfiner précocement pour mettre un coup d’arrêt à la circulation virale et diffusion des variants ? Etait-ce seulement pour laisser passer la période des soldes ? Au prix d’une vague massive à venir, sur l’option du « Stop & Go » chère au Ministre de l’Economie ?

Pourtant, cette pratique du « Stop & go » inhérente aux stratégies d’atténuation incapables de contrôler un virus aussi contagieux que SARS-CoV-2, ne va conduire qu’à un étiolement rapide de l’acceptation populaire des mesures sanitaires. Elles n’en seront alors que moins respectées et donc moins efficaces, avec à la clé, une perte de contrôle épidémique, puis une perte de contrôle économique, et enfin un impact politique. Ces stratégies d’atténuation suivies en Europe n’ont pas évité l’enchaînement des vagues épidémiques, pas évité les morts ni une morbi-mortalité massive, n’ont pas évité non plus la saturation du système de soins et les déprogrammations ; elles n’ont pas non plus évité le recul économique, encore plus prononcé que dans les pays qui ont protégé leurs citoyens avec des stratégies de suppression virale. Pour atteindre ces bien piètres résultats, il a fallu mettre à l’arrêt des pans entiers de l’économie, de la vie culturelle, pédagogique ; il a fallu priver la population de la liberté de circuler, de travailler, de se soigner ; l’impact psycho-social est majeur, et les perspectives d’embellie restent absentes. Face aux nouveaux variants, encore plus transmissibles, qui peut croire que ces stratégies d’atténuation pourraient éviter un nouveau désastre ? On vaccine, certes, mais cela n’ira jamais plus vite que les contaminations exponentielles, cela ne stoppera pas la circulation virale, et cela ne fera qu’accélérer l’émergence de nouveaux variants en échappement immunitaire puisqu’on fait progresser la pression immunitaire sur un réservoir massif de mutants (lié à la circulation virale intense en France). On ne fait donc que démarrer un « jeu » infernal entre l’évolution virale, et notre course aux vaccins mis à jour avec toujours un train de retard sur les nouveaux variants. Tout ce qu’une stratégie de suppression virale pourrait éviter ! Cette stratégie de suppression virale est désespérément appelée par la communauté scientifique, des collectifs d’économistes, de sociologues ; elle a fait ses preuves pour près de 2 milliards d’habitants pour qui la COVID a été réduite à l’anecdotique, mais que nos autorités refusent obstinément depuis 1 an.

Alors que restera-t-il ? Le renoncement ? Résignés face à l’invasion virale, nous en viendrions finalement à « accepter le risque et revivre », relançant ainsi toutes les activités au mépris de la circulation virale, de la saturation des hôpitaux, de la perte d’accès aux soins pour tous, de la morbi-mortalité induite par la COVID sur toutes les classes d’âge… Cela règlera-t-il la crise pour autant ? Face à ce virus qui nous frappe, les propos de Churchill résonnent tragiquement : « Le gouvernement avait le choix entre la guerre et le déshonneur ; il a choisi le déshonneur et il aura la guerre. »

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