Covid-19 : non le retour à la vie normale n’est probablement pas pour bientôt. Et encore moins si nous continuons à ne pas investir dans le criblage génique

Atlantico : Jean Castex a exprimé son optimisme quant à un retour à la vie normale, Alain Fischer a fait de même, excluant un nouveau confinement, sauf nouveau variant. On entend désormais du variant MU. A quel point la menace d’un nouveau variant qui deviendrait majoritaire est-elle forte ?

Antoine Flahault : Le variant Mu n’est pas à proprement parler « nouveau », il a émergé en Amérique Latine il y a plusieurs mois, et a été probablement partiellement responsable de l’épidémie sévère qui s’est produite en Colombie et dont le pic a été observé à la fin juin. Pour le moment ce variant ne semble pas s’imposer en Europe ni dans le reste du monde, mais en Colombie il représente près de 40% des souches séquencées. Le surveiller avec attention aujourd’hui au niveau international, c’est vérifier d’abord qu’il ne devienne pas dominant nulle part dans le monde. C’est aussi se donner la possibilité d’étudier ses caractéristiques en termes de transmissibilité, de virulence, et de réponse aux vaccins existants.

Très utilisé dans certains pays, beaucoup moins dans d’autres, le criblage pourrait-il prévenir efficacement la propagation de nouveaux variants ?

Le criblage, ou mieux le séquençage complet du génome viral ne « préviennent » pas la propagation des variants mais ils permettent de les identifier précocement, de surveiller leur progression sur le territoire. Ils permettent aussi de mieux comprendre et ensuite de démanteler plus rapidement les chaînes de transmission. Tout cela a un nom, qui s’appelle « l’épidémiologie moléculaire ».

Qu’est ce que requiert comme moyen une vraie politique de criblage ? 

Il convient aujourd’hui de mieux s’équiper à travers le monde en moyens de criblage et de séquençage. Certains pays comme l’Australie, le Royaume-Uni, l’Afrique du Sud en sont déjà très bien dotés. L’Europe continentale a fait de rapides progrès en la matière ces derniers mois, mais il reste à équiper les pays plus pauvres ayant des infrastructures sanitaires et de veille sanitaire souvent plus précaires.

Empêcher la propagation de nouveau variants sur le territoire est-elle la seule méthode pour pouvoir espérer un retour à la vie normale dans un futur proche ?

Il est très difficile « d’empêcher » totalement la propagation des nouveaux variants. Les stratégies visant l’objectif zéro Covid ont montré récemment leurs limites avec le variant Delta très transmissible. Néanmoins viser une circulation très faible du virus permet de prévenir des vagues fortement impactantes sur le plan sanitaire mais aussi aux conséquences sociales et économiques parfois dévastatrices. Viser une très faible circulation du virus demande un contrôle sanitaire aux frontières strict, par exemple en instaurant un certificat d’immunisation systématique pour l’entrée et la sortie du territoire et des quarantaines pour certaines destinations. Cette politique vigilante aux frontières est l’une des clés des stratégies les plus performantes depuis le début de la pandémie. Elle bénéficie beaucoup d’être associée à une forte couverture vaccinale de la population, au maintien des gestes barrières, à l’usage étendu du passe sanitaire, à des politiques organisées de testing, tant que le virus circule avec l’intensité que l’on connaît actuellement.