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Ces données épidémiologiques britanniques qui donnent une vision plus juste de la circulation virale
©JUSTIN TALLIS / AFP

Mine d'or

Ces données épidémiologiques britanniques qui donnent une vision plus juste de la circulation virale

Les enquêtes épidémiologiques de l'ONS britannique sont une vraie mine d'or. Leurs données sont en accès libre, ainsi que celles du PHE/UKHSA. Voici une illustration d’une fraction des informations qu'on peut en tirer...

Claude-Alexandre Gustave

Claude-Alexandre Gustave

Claude-Alexandre Gustave est Biologiste médical, ancien Assistant Hospitalo-Universitaire en microbiologie et ancien Assistant Spécialiste en immunologie. 

Voir la bio »

Tout d'abord les sources :


A) OWD pour les données d'incidence via les tests de dépistage/diagnostic
ourworldindata.org/local-covid-uk
B) les rapports du PHE/UKHSA et leurs archives
gov.uk/government/pub…
C) Enquêtes épidémiologiques de l'ONS avec les jeux de données


Les enquêtes épidémiologiques de l'ONS (https://twitter.com/C_A_Gustave/status/1504874318215454723) permettent d'avoir une estimation de la circulation virale RÉELLE, contrairement aux tests de dépistage/diagnostic qui ne montrent qu'une fraction de l'incidence et prévalence des infections
Les dépistages et diagnostics sont un mauvais outil épidémiologique. Ils sont restreints à certains patients, limités dans leur déploiement, dépendant de l'adhésion de la population aux stratégies de dépistage, etc. Ils ne reflètent qu'une fraction de la réalité. Au contraire, les enquêtes épidémiologiques s'appuient sur un échantillon représentatif de la population (âge, sexe, lieu de résidence, statut immunitaire, mode de vie, secteur d'activité...) 
Ceci permet d'estimer la circulation virale RÉELLE, indépendamment de l'adhésion au dépistage. Ces enquêtes constituent un complément indispensable à la documentation épidémiologique d'une épidémie. Au Royaume-Uni, elles constituent le « quatrième pilier ». gov.uk/government/pub…


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Le Québec dispose aussi d'un tel outil depuis 2022.


En France, après plus de 2 ans de pandémie, nous n'avons apparemment toujours pas compris que l'épidémiologie basées sur les seuls tests de dépistage/diagnostic est bancale et pas qu'un peu !  
À partir de l'ensemble des archives de l'ONS et du PHE/UKHSA, il est possible de reconstituer l'évolution de l'incidence RÉELLE des infections par SARS-CoV-2, depuis fin avril 2020 jusqu'à présent et de comparer avec l'incidence perçue via les tests.
On commence avec l'Ecosse (dernière à avoir déployé les enquêtes de l'ONS) :
Voici l'incidence "perçue" via les tests (publiée dans les médias, sur les sites de tracking...) ; et l'incidence RÉELLE obtenue via les enquêtes de l'ONS

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Tout d'abord, on remarque que les "pics" d'incidence perçus via les tests (en bleu), et sur lesquels les débats de café du commerce se sont multipliés depuis 2 ans, ont toujours été en retard sur les pics réels (en orange).
Si vous ne disposez que des données issues des tests de dépistage/diagnostic, vous ne pouvez construire qu’un raisonnement bancal sur l'évolution de l'épidémie, ses mécanismes et sur les mesures à prendre/évaluer.
Autre information, l'incidence perçue via les tests a toujours été très inférieure à l'incidence RÉELLE.
Pour illustrer cela, voici le ratio "perçue/réelle" au cours du temps. On remarque que depuis 2022, la population n'est plus testée suffisamment.


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En effet, jusqu'à 2022, l'incidence réelle 🟧 était environ deux à trois fois plus élevée que l'incidence perçue 🟦, avec des "pics" de sous-estimation jusqu'à quatre ou cinq fois durant les vagues épidémiques. Depuis 2022, l'incidence réelle est 6 fois supérieure à l'incidence perçue

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On continue avec l'Irlande du Nord (avant-dernière à être intégrée dans les enquêtes de l'ONS) :
Toujours pareil, incidence perçue via les tests (en bleu) 🟦, et incidence réelle (en orange) (exprimées comme chez nous en nouveaux cas / semaine / 100k habitants)


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Toujours le retard des pics perçus via les tests. Mais aussi une nette illustration de la problématique actuelle de sous-estimation majeure de la circulation virale (et donc une sous-estimation majeure du risque sanitaire que chacun doit désormais gérer en autonomie). Alors que l'incidence "officielle" présentée via les média/trackers/autorités... semble revenue sous la barre des 1000 cas / semaine / 100 000 habitants, elle est en réalité en forte hausse à  plus de 6000 cas / semaine / 100 000 habitants.
Si on reprend la représentation graphique du ratio perçue/réelle, on réalise un peu mieux à quel point la circulation virale est sous-estimée si on ne réalise pas d'enquête épidémiologique :

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On passe ensuite au Pays de Galles (seconde nation du Royaume-Uni à avoir intégré les enquêtes de l'ONS).
Idem : incidence perçue via les tests (en bleu) 🟦 ; incidence réelle via les enquêtes épidémiologiques (en orange)

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19/50
Idem, pics réels 🟧 plus précoces que les pics perçus via les tests 🟦 (sur lesquels les décisions sanitaires sont prises). Et toujours une forte sous-estimation de la circulation virale. En 2022, l'incidence RÉELLE est 20 fois supérieure à l'incidence via les tests.

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Dans de telles conditions, comment voulez-vous acquérir une compréhension fiable de l'épidémie, ou évaluer correctement les risques, si vous ne réalisez pas d'enquêtes épidémiologiques en parallèle des tests de dépistage/diagnostic ??? 
Enfin l'Angleterre (où les enquêtes pilotes ont débuté dès la fin de la 1ère vague en 2020).
Toujours la même représentation, incidence perçue via les tests (en bleu) 🟦 versus incidence réelle via l'ONS (en orange).

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L'Angleterre est l'Etat le plus peuplé du Royaume-Uni et fournit donc des données plus robustes.
On observe toujours le retard des pics perçus via les tests 🟦 et toujours une forte sous-estimation de l'incidence réelle 🟧 (sous-estimée d'un facteur 12 en 2022).

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Les données anglaises permettent aussi de compléter avec d'autres informations liées aux variants en circulation, et aux données immunologiques (séroprévalence = pourcentage de population ayant développé des anticorps anti-N, acquis uniquement via infection).
On peut par exemple voir que la grande vague d'infections de fin 2021 a débuté avec Delta.
L'incidence réelle a atteint 3000 cas/semaine/100k avant qu'Omicron ne devienne majoritaire.

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Cela montre que cette grande vague n'est pas uniquement liée à la transmissibilité accrue d'Omicron, mais aussi à un changement des comportements individuels (abandon des mesures barrières), puisque l'incidence réelle a décollé même sous la domination de Delta.
Omicron a la particularité d'être doté d'un fort échappement immunitaire, ce qui lui permet d'être environ 30 fois moins neutralisé par nos anticorps que Delta.
Ceci a deux conséquences : une transmissibilité décuplée et une virulence APPARENTE en baisse.
J'insiste sur ce dernier point, car en circulant préférentiellement chez des sujets immunisés (via son échappement immunitaire), Omicron infecte donc préférentiellement des personnes à moindre risque de formes sévères de COVID (puisque immunisées) ... 
L'exemple de Hong-Kong montre à quel point Omicron est dangereux dans une population insuffisamment vaccinée ! Seulement environ 50% des plus de 60 ans avec 2 doses, et primo-vaccinations majoritairement incomplètes (pas assez de troisièmes doses).

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La contre-partie qui a été largement détournée/déformée/désinformée par les partisans de l'immunité hybride ou immunité par infection, c'est qu'Omicron ne fait pas progresser la séroprévalence, et ne construit pas la fameuse "immunité collective" ! 
Avant de discuter du pourquoi, revenons aux données d'incidence réelle (en orange) 🟧 et de séroprévalence anti-N (en violet) 🟪 (acquise via l'infection uniquement).
On peut voir une forte hausse de séroprévalence vers fin 2021 (d’environ 23% à 36%).

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Mais à qui est-elle due ?


Si on lit "bêtement" les courbes, on répond : "c'est dû à Omicron puisque la hausse de séroprévalence est simultanée à l'essor d'Omicron".
Mais si on tient compte du fonctionnement de notre système immunitaire, on n'a pas la même conclusion.
Le UKHSA le rappelle d'ailleurs dans ses rapports présentant ces données de séroprévalence :
la séroconversion (production d'anticorps suite à l'infection) ne survient qu'au moins 2 à 3 semaines après l'infection...assets.publishing.service.gov.uk/government/upl…
Alors pour aider à comprendre ce décalage, j'ai refait le graphique précédent, mais en avançant les points de séroprévalence (en violet) 🟪 de 2,5 semaines pour les réaligner sur l'incidence réelle (en orange)🟧 à laquelle ils correspondent (= alignement avec les infections causales)

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Oops... ! La quasi totalité du bond de séroprévalence observé fin 2021 est en fait induit par des infections liées au variant Delta ! Depuis qu'Omicron est dominant, on voit au contraire que la séroprévalence anti-N ne progresse plus.
Pourquoi ? La réponse réside dans l'échappement immunitaire d'Omicron. Cette caractéristique lui permet de circuler préférentiellement chez les sujets déjà immunisés, qui sont aussi ceux qui s'exposent le plus aux contaminations... 
Ces individus se retrouvent infectés par Omicron, mais ils étaient déjà séropositifs auparavant du fait de leurs comportements à risque, défaut d'adhésion aux mesures barrières... Ils constituent un "pool" qui s'infecte régulièrement à chaque vague. Une fraction de ce pool est perçue via les données issues des tests de dépistage/diagnostic (en bleu) 🟦 et constitue la partie émergée de l'iceberg des réinfections. D'ailleurs, depuis l'essor d'Omicron, on constate que le taux de réinfections a été multiplié par environ 10 :

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En circulant préférentiellement dans ce pool à infections récurrentes, Omicron ne fait pas progresser la séroprévalence dans la population puisqu'il circule chez des sujets déjà séropositifs. C'est le 1er élément de réponse. 


Mais alors pourquoi ne voit-on pas la séroprévalence anti-N progresser malgré tout dans le reste de la population qui n'a été immunisée que par la vaccination ? Cela dépend du délai entre vaccination et infection (et aussi du nombre de doses reçues). Après 3 doses, on dispose d'un fort stock d'anticorps neutralisants qui décroit progressivement avec le temps. Ces anticorps n'empêchent pas d'être infecté, mais s'ils sont en quantité suffisante, ils limitent fortement l'invasion virale. Si l'infection par Omicron survient peu de temps après la vaccination (surtout après 3ème dose), on dispose alors d'un stock important d'anticorps neutralisants qui empêchent l'infection de s'étendre au-delà de la sphère ORL ou dans les tissus profonds. L'infection n'induit alors que peu ou pas de stimulation du système immunitaire adaptatif (lymphocytes T et B notamment).


Ainsi il ne se produit pas de séroconversion anti-N suite à cette infection. De plus, si on a encore beaucoup d'anticorps neutralisants au moment de l'infection, les particules virales sont alors suffisamment recouvertes d'anticorps (neutralisées) pour empêcher leur détection par de nouveaux lymphocytes = pas de séroconversion anti-N.
Tout ceci met à mal la stratégie de "l'immunité hybride" qui voudrait qu'après primo-vaccination complète (3 doses), on ne maintienne plus notre protection que par des infections récurrentes.


"Pour éviter de tomber malade... Tombons tous malades", ça ne marche pas. 
Enfin, pour environ 20 à 25% des individus, notamment les plus jeunes et ceux qui font des infections totalement asymptomatiques, il n'y a pas de stimulation de l'immunité adaptative lors de l'infection.


Ils contrôlent leur infection via la réponse interféron.


Ces individus ne séroconvertissent pas après leur infection (ni en anti-N, ni en anti-S), car leur immunité innée (réponse interféron) suffit à juguler l'invasion virale.
Contrairement à l'immunité adaptative, l'immunité innée n'a pas de mémoire et n'est pas "boostable". Là encore, l'infection de ces individus ne fait pas progresser la séroprévalence (~20 à 25% de la pop mais variable car certains variants possèdent des mutations leur permettant de contourner la réponse interféron). 
Par contre, ce qui est certain, c'est que la circulation virale est massive, fortement sous-estimée actuellement, et que même si elle ne fait pas augmenter la séroprévalence, elle fait avancer l'évolution virale vers toujours plus de transmissibilité et toujours plu d'échappement immunitaire. 
Nous nous reposons sur nos lauriers acquis via la campagne de troisièmes doses, puis nous nous laissons doucement bercer par l'illusion d'une circulation virale de bas niveau. Ainsi nous allons laisser l'immunité acquise s'étioler avec le temps. Ne soyez pas surpris. 

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