BA 2.12.1, BA.4 et BA.5 : tout ce qu’il faut savoir sur les sous-variants les plus contagieux d’Omicron

Atlantico : Le variant Omicron BA.2.12.1 se répand comme une traînée de poudre ces derniers mois aux États-Unis, et représente 43% des nouveaux cas à la mi-mai. Au 10 mai, la moyenne sur les sept derniers jours des nouveaux cas quotidiens aux États-Unis s'élève à 74 718, soit presque le triple par rapport au 1er avril. Comment expliquer cette percée et faut-il s’en inquiéter ? 

Antoine Flahault : Omicron est une famille nombreuse. La dénomination de ses sous-variants commence à être ardue lorsque l’on évoque le 12 enfants d’une même fratrie, c’est-à-dire de la famille BA.2. On parle ici de BA.2.12.1 dont le suffixe « 1 » suggère qu’il y a ou aura encore d’autres petits enfants dans cette lignée déjà bien prolifique ! On appelait au début ce sous-variant d’Omicron « le variant de New York » parce que c’est à Manhattan qu’il a été découvert. Les 74’718 cas quotidiens restent dix fois inférieurs aux nombres quotidiens enregistrés au moment du pic de la vague causée par le sous-variant BA.1 d’Omicron à la mi-janvier dernier, mais il n’est pas aisé aux USA comme en Europe de faire des comparaisons directes entre ces deux périodes tellement le nombre de tests PCR s’est effondré entre temps (il s’en pratiquait 5 fois plus à la mi-janvier par rapport à actuellement). Clairement, le variant BA.2.12.1 supplante les deux précédents (BA.1 et BA.2), le petit new-yorkais a gagné le grand schlem nord-américain, devenant majoritaire dans tous les 50 Etats. La Californie et l’Oklahoma sont les deux Etats ayant la plus faible circulation de BA.2.12.1, juste un peu supérieurs à 50% des séquences. Cependant, l’émergence des sous-variants d’origine sud-africaine, appelés BA.4 et BA.5 vient supplanter progressivement BA.2.12.1. Il semble donc que BA.2.12.1 devrait s’effacer progressivement devant les sous-variants BA.4 et surtout BA.5 comme en Europe actuellement.

Que penser de ce nouveau sous-variant, tant au niveau de sa dangerosité que du nombre d’hospitalisation qu’il peut engendrer ? Est-il plus transmissible que les variants précédents ? Ou plus sévère ? 

La vague d’hospitalisations et de décès liée au sous-variant BA.2.12.1n’a pas été d’ampleur considérable aux USA. La mortalité par COVID-19 est actuellement près de 7 fois inférieure à celle rapportée au moment du pic de mortalité de février dernier. Lorsqu’un variant devient dominant, c’est en raison de ses avantages sélectifs sur les précédents. BA.2.12.1 porteur d’une mutation L452Q sur le gène codant pour la protéine Spike s’est montré plus transmissible que BA.1 et BA.2, mais pas plus virulent comme certains virologues l’avaient redouté, car le variant Delta portait aussi la même mutation que l’on pensait responsable de sa plus grande virulence (par rapport à Alpha).

On sait, depuis Omicron en particulier, que le Covid peut contaminer malgré une infection antérieure ou la vaccination. Est-il particulièrement équipé pour contourner l’immunité vaccinale ou naturelle ? 

Le sous-variant BA.2.12.1 fait partie de la famille Omicron. Cette famille dans son ensemble a été comparée à des « avions furtifs de l’immunité » parce que l’infection par ce variant (quels que soient les sous-variants d’Omicron) ne laisse pas de trace immunitaire ou laisse peu de traces. L’infection à Omicron semble passer sous les radars de notre immunité. On ne peut plus dire aux patients qui font un Covid avec ce variant qu’ils ont « l’équivalent d’une dose vaccinale » comme on le leur disait avec les variants précédents (Alpha, Delta). Ainsi Omicron contourne aisément l’immunité naturelle, mais continue d’être contrés par notre immunité à médiation cellulaire, celle que les vaccins et les infections aux précédents variants nous ont laissée pour nous permettre de lutter contre les complications graves de COVID-19.

Que sait-on de l’efficacité des traitements médicamenteux contre ce variant en particulier, sont-ils efficaces ?

Malheureusement la plupart des anticorps monoclonaux qui étaient efficaces contre les précédents variants du SARS-CoV-2 se sont retrouvés inefficaces contre le variant Omicron et ses sous-variants. BA.2.12.1 ne fait donc pas exception. Comme contre les sous-variants BA.4 et BA.5, seul le bebtelovimab, disponible uniquement aux Etats-Unis, reste pleinement efficace contre BA.2.12.1. Les autres anticorps monoclonaux qui étaient actifs contre BA.1 et BA.2 s’avèrent avoir perdu une partie de leur efficacité contre le sous-variant new-yorkais (Evusheld notamment serait deux fois moins efficace qu’il ne l’était contre BA.2).

La bonne nouvelle est que les antiviraux, comme le Paxlovid ou le Remdesivir, semblent rester efficaces contre tous les variants d’Omicron. Ainsi on devrait s’organiser pour pouvoir les prescrire aux personnes très vulnérables (personnes de plus de 70 ans, ou immunodéprimées, ou non vaccinées avec des comorbidités), à condition que ces médicaments soient administrés précocement dans le cours de l’infection. Ces antiviraux prescrits à bon escient permettraient d’éviter un grand nombre de formes sévères de COVID-19, celles conduisant à l’hospitalisation ou au décès de ces personnes très vulnérables.

Le variant BA.2.12.1 est-il bien implanté sur le territoire français ? Est-il amené à devenir dominant en France ? Faut-il prévoir une nouvelle vague et penser à changer notre stratégie face à ce variant ?

Actuellement le sous-variant BA.2.12.1 peine à s’imposer dans les tournois internationaux où il est engagé, en raison de la compétition très vive que lui infligent les sous-variants BA.4 et surtout BA.5. Bien sûr, les nombreuses interactions outre-atlantiques ont laisser entrer le sous-variant new-yorkais sur le sol européen. Il a commencé à s’y propager, l’emportant provisoirement sur BA.2 qui était dominant jusqu’à récemment. Mais, il ne dépasse toujours pas aujourd’hui 6% des virus séquencés en France et il semble peu probable qu’il ne devienne jamais dominant sur le sol européen. BA.5 semble remporter tous les tournois partout dans le monde où il est en compétition avec BA.2.12.1. Le sous-variant new-yorkais semblait, il y a encore quelques semaines, un challenger crédible pour succéder au sous-variant BA.2 devenu dominant en Europe en mai, mais, aujourd’hui, quelques semaines plus tard, il semble s’incliner devant son rival BA.5 plus transmissible et peut-être un peu plus virulent aussi. On comprend le caractère hautement imprévisible de ces vagues épidémiques. Il était difficile de prédire il y a seulement quelques semaines quel serait le sous-variant d’Omicron qui allait s’imposer en Amérique du Nord puis en Europe. Il reste donc hautement incertain d’envisager ceux qui se qualifieront pour la vague suivante, qui pourrait survenir dès la rentrée de septembre ou d’octobre prochain.