La prochaine pandémie ? Elle est déjà là pour la faune et la flore de la Terre

Je suis biologiste de la conservation et j'étudie les maladies infectieuses émergentes. Lorsque l'on me demande quelle sera la prochaine pandémie, je réponds souvent que nous sommes déjà en train d'en vivre une, mais qu'elle touche un grand nombre d'espèces plus que les nôtres. 

Je fais référence à la souche hautement pathogène de l'influenza aviaire H5N1 (IAHP H5N1), également connue sous le nom de grippe aviaire, qui a tué des millions d'oiseaux et un nombre inconnu de mammifères, en particulier au cours des trois dernières années.

Il s'agit de la souche qui est apparue chez les oies domestiques en Chine en 1997 et qui s'est rapidement propagée à l'homme en Asie du Sud-Est, avec un taux de mortalité d'environ 40 à 50 %. Mon groupe de recherche a rencontré le virus lorsqu'il a tué un mammifère, une civette palmiste d'Owston menacée d'extinction, dans le cadre d'un programme d'élevage en captivité dans le parc national de Cuc Phuong, au Viêt Nam, en 2005. 

La manière dont ces animaux ont attrapé la grippe aviaire n'a jamais été confirmée. Leur régime alimentaire étant principalement composé de vers de terre, ils n'ont pas été infectés par la consommation de volailles malades, comme c'est le cas pour de nombreux tigres en captivité dans la région.

Cette découverte nous a incités à rassembler tous les cas confirmés d'infection mortelle par la grippe aviaire afin d'évaluer l'ampleur de la menace que ce virus pourrait faire peser sur la faune sauvage. 

C'est ainsi qu'un virus récemment découvert chez les volailles chinoises en est venu à menacer une grande partie de la biodiversité mondiale.

Les premiers signes

Jusqu'en décembre 2005, la plupart des infections confirmées avaient été découvertes dans quelques zoos et centres de sauvetage en Thaïlande et au Cambodge. Notre analyse en 2006 a montré que près de la moitié (48 %) des différents groupes d'oiseaux (appelés "ordres" par les taxonomistes) contenaient une espèce chez laquelle une infection mortelle par la grippe aviaire avait été signalée. Ces 13 ordres représentaient 84 % de toutes les espèces d'oiseaux. 

Il y a 20 ans, nous avons estimé que les souches de H5N1 en circulation étaient probablement hautement pathogènes pour tous les ordres d'oiseaux. Nous avons également montré que la liste des espèces confirmées infectées comprenait des espèces menacées au niveau mondial et que des habitats importants, tels que le delta du Mékong au Viêt Nam, se trouvaient à proximité des foyers aviaires signalés.

Les mammifères connus pour être sensibles à la grippe aviaire au début des années 2000 comprenaient des primates, des rongeurs, des porcs et des lapins. Les grands carnivores tels que les tigres du Bengale et les léopards nébuleux ont été tués, de même que les chats domestiques.

Notre article de 2006 montrait la facilité avec laquelle ce virus franchissait les barrières entre les espèces et suggérait qu'il pourrait un jour constituer une menace pandémique pour la biodiversité mondiale. 

Malheureusement, nos avertissements se sont avérés exacts.

Une maladie itinérante

Deux décennies plus tard, la grippe aviaire tue des espèces de l'Extrême-Arctique à l'Antarctique continental.

Au cours des deux dernières années, la grippe aviaire s'est rapidement propagée en Europe et s'est infiltrée en Amérique du Nord et du Sud, tuant des millions de volailles et toute une série d'espèces d'oiseaux et de mammifères. Selon un article récent, 26 pays ont signalé la mort d'au moins 48 espèces de mammifères à cause du virus depuis 2020, date de la dernière augmentation du nombre d'infections signalées.

Même l'océan n'est pas à l'abri. Depuis 2020, 13 espèces de mammifères aquatiques ont succombé, notamment des otaries, des marsouins et des dauphins d'Amérique, qui meurent souvent par milliers en Amérique du Sud. Il est désormais confirmé que de nombreux mammifères nécrophages et prédateurs vivant sur terre sont également sensibles, notamment les lions de montagne, les lynx, les ours bruns, les ours noirs et les ours polaires. 

À lui seul, le Royaume-Uni a perdu plus de 75 % de ses grands labbes et a connu un déclin de 25 % des fous de Bassan. Les déclins récents des sternes sandwiches (35 %) et des sternes pierregarin (42 %) sont également dus en grande partie au virus.

Les scientifiques n'ont pas encore réussi à séquencer complètement le virus dans toutes les espèces touchées. La recherche et la surveillance continue pourraient nous indiquer dans quelle mesure le virus s'adapte et s'il peut s'étendre à d'autres espèces. Nous savons qu'il peut déjà infecter l'homme - une ou plusieurs mutations génétiques pourraient le rendre plus infectieux.

À la croisée des chemins

Entre le 1er janvier 2003 et le 21 décembre 2023, 882 cas d'infection humaine par le virus H5N1 ont été signalés dans 23 pays, dont 461 (52 %) ont été mortels.

Plus de la moitié de ces cas mortels ont été enregistrés au Viêt Nam, en Chine, au Cambodge et au Laos. Les infections de la volaille à l'homme ont été enregistrées pour la première fois au Cambodge en décembre 2003. Des cas intermittents ont été signalés jusqu'en 2014, puis jusqu'en 2023, avec 41 décès pour 64 cas. Le sous-type de virus H5N1 responsable a été détecté chez les volailles au Cambodge depuis 2014. Au début des années 2000, le virus H5N1 en circulation avait un taux de mortalité élevé chez l'homme. Il est donc inquiétant de constater que des personnes meurent à nouveau après avoir été en contact avec des volailles.

Les sous-types H5 de la grippe aviaire ne sont pas les seuls à concerner l'homme. Le virus H10N1 a été isolé à l'origine chez des oiseaux sauvages en Corée du Sud, mais il a également été signalé dans des échantillons provenant de Chine et de Mongolie.

Des recherches récentes ont montré que ces sous-types de virus pouvaient passer à l'homme après s'être révélés pathogènes chez des souris et des furets de laboratoire. La première personne dont l'infection par le H10N5 a été confirmée est décédée en Chine le 27 janvier 2024, mais ce patient souffrait également de la grippe saisonnière (H3N2). Il avait été exposé à des volailles vivantes qui ont également été testées positives pour le H10N5.

Des espèces déjà menacées d'extinction figurent parmi celles qui sont mortes de la grippe aviaire au cours des trois dernières années. Les premiers décès dus au virus dans l'Antarctique continental viennent d'être confirmés chez des skuas, ce qui met en évidence une menace imminente pour les colonies de pingouins dont les skuas s'attaquent aux œufs et aux poussins. Des manchots de Humboldt ont déjà été tués par le virus au Chili. 

Comment endiguer le tsunami du H5N1 et des autres grippes aviaires ? Il faut revoir complètement la production de volailles à l'échelle mondiale. Rendre les exploitations autosuffisantes en matière d'élevage d'œufs et de poussins au lieu de les exporter à l'échelle internationale. La tendance aux méga-fermes de plus d'un million d'oiseaux doit être stoppée net.

Pour éviter les pires conséquences de ce virus, il faut revenir sur sa source première : l'incubateur des élevages intensifs de volailles.

Cet article a été initialement publié sur The Conversation.