Universitaire, Edouard Husson a dirigé ESCP Europe Business School de 2012 à 2014 puis a été vice-président de l’Université Paris Sciences & Lettres (PSL). Il est actuellement professeur à l’Institut Franco-Allemand d’Etudes Européennes (à l’Université de Cergy-Pontoise). Spécialiste de l’histoire de l’Allemagne et de l’Europe, il travaille en particulier sur la modernisation politique des sociétés depuis la Révolution française. Il est l’auteur d’ouvrages et de nombreux articles sur l’histoire de l’Allemagne depuis la Révolution française, l’histoire des mondialisations, l’histoire de la monnaie, l’histoire du nazisme et des autres violences de masse au XXème siècle  ou l’histoire des relations internationales et des conflits contemporains. Il écrit en ce moment une biographie de Benjamin Disraëli. 
  
Ancien élève de l'Ecole Normale Supérieure (1988, aujourd’hui école de l’Université PSL), agrégé d'histoire (1992) et docteur de l'Université Paris-Sorbonne (1998, aujourd’hui membre de Sorbonne Université), Edouard Husson a été chercheur à l'Institut für Zeitgeschichte de Munich (1999-2001) et chercheur invité au Center For Advanced Holocaust Studies de Washington (en 2005 et 2006). Il a co-fondé le CERRESE (Centre Européen de Ressources pour la Recherche et l'Enseignement sur la Shoah à l'Est), dont il préside toujours le conseil scientifique. 
  
Edouard Husson a été assistant au Centre d'Etudes Germaniques de l'Université de Strasbourg (1995-1998), maître de conférences à l'Université Paris-Sorbonne (2001-2009) et chargé de cours magistral au 1er cycle franco-allemand de Sciences Po (campus de Nancy) (2001-2009). Il a été élu en mai 2009 professeur à l'Université de Picardie-Jules Verne (Amiens) puis en 2018 à l’Université de Cergy-Pontoise. 

Entre juillet 2009 et août 2010, il a travaillé auprès de Valérie Pécresse, Ministre de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche, en charge des sciences humaines et sociales. Il était en même temps rapporteur des travaux du Conseil pour le Développement des Humanités et des Sciences Sociales (CDHSS). 

D’août 2010 à août 2012, il a occupé les fonctions de Vice-Chancelier des universités de Paris. Il assistait le Recteur de l'académie sur les questions relatives à l’enseignement supérieur, sur les questions communes aux enseignements secondaires et supérieurs et dans les affaires de la Chancellerie des universités de Paris comme établissement public. 
  
Edouard Husson est Docteur honoris causa de l’Academia Brasileira de Filosofia (2010) et Chevalier des palmes académiques. Il a été  président du Conseil d’orientation de l’Université Cergy Pontoise (2013-2015), il est vice-président de la Fondation IFRAP (2013) et membre des Comités d’orientation du collège des Bernardins et de QS. Il est membre du Conseil Scientifique de la Fondation Charles de Gaulle.